正阳门及南京明故宫示意图
正阳门座落于明南京紫禁城的中轴线上，其地位明显高于另外十二座城门，在明初时期非一般百姓所能出入。明朝南京城，大致可以以通济门为东西界线：东侧是皇城大内及中央官署（如六部等）所在地；西侧才是普通市民居住之所。
通济门分界线示意图
明南京城朝南开设有3座城门：聚宝门、通济门和正阳门，只有正阳门才是京师的正门。外国使臣来朝，均从正阳门进出，“国门”的由来概因于此吧。
一座唯一的复合型瓮城
在明初内城的十三门中，其它城门的瓮城要不是内瓮城，要不就是外瓮城，唯独正阳门是同时具有两道内瓮城和一道外瓮城的复合型瓮城，共有五道城门，这在国内城垣史上也并不多见。
《陆师学堂新测金陵省城全图》
一度人们认为正阳门只有内瓮城，并无外瓮城。2004年考古人员在光华门外靠近护城河边发现了一段城墙基础，基于无外瓮城的固有认识，当时尚无法解释为什何在城门之外还有这么一段城墙。在近年发现的一幅流传海外的绘制于晚清时期的《陆师学堂新测金陵省城全图》中，人们发现正阳门有外瓮城，结合之前的考古发现，证实了这一点。
地图局部
更为独特之处在于，外瓮城有南、东方向两道门，分别位于主城门的正前方和东侧方。外瓮城南门、主城门和两道内瓮城的门在紫禁城的中轴线上，为平时皇帝大典及外国使臣出入的线路；日常官员及大臣从外瓮城的东侧门进出。
