久而久之，这里的地势就与周围地表产生了“落差”，至少三个方面的水资源开始慢慢汇聚到这里。其中，第一个，也是最关键的原因，就是贝加尔湖周围330多条大小河流汇入，总汇入面积达到了50多万平方公里，而只有一条较大的河流－安加拉河从这里流出，为贝加尔湖蓄积巨量水资源提供了保障。
第二个，就是地下水的补给，由于贝加尔湖底部很深，周边岩层势必会与地下水的潜水层和承压水层相接，这些地下水通过岩层中的缝隙、孔洞进行渗透，而来自周边更大区域的降雨、冰雪融水等渗透到地下的水，则有很大的几率也汇聚到贝加尔湖内部。
第三个，就是降雨和降雪的直接补给，由于贝加尔湖处于北温带和北寒带交界处，季风气候非常明显，夏季多雨、冬季多风多雪，既为区域内的众多河流提供了补给，同时也能够直接为贝加尔湖提供水源。
综合以上几个方面的因素，再加上这里的年平均气温较低，蒸发量不怎么强，经过几十上百万年的酝酿，聚集了大量淡水资源，成为世界上最深的湖泊。
