一次，马皇后在陪伴朱元璋视察太学之后，即使发现太学学生没有经济来源，也很难养活家小，于是她设立了“红仓”专门储蓄粮食给那些在太学辛苦读书之人的妻子儿女。从此，朝廷开始了救济太学学生的惯例。
自古以来后宫不得干政，但是马皇后例外，她问朱元璋天下百姓的事后，朱元璋很生气，马皇后回答他“陛下天下父，妾辱天下母，子之安否，何可不问？”把朱元璋说得哑口无言。朱元璋性格刚猛，经常在朝堂之上发怒，下朝后马皇后都劝他。比如，某一次有人诬陷郭景祥的儿子不孝顺，想要拿着武器*死自己的父亲，朱元璋盛怒之下要*掉郭景祥的儿子。马皇后劝他：郭景祥只有这一个儿子，你贸然插手他的家务事*死他的儿子，这等于让郭景祥断后啊，相信郭景祥可以自己处理好自己的家务事。朱元璋觉得很有道理便不再追究此事。
朱元璋评价马皇说：如果她是个男子，能不做个宰相都绰绰有余。可惜如此好的马皇后却并没有陪伴朱元璋走到人生晚年。洪武十五年八月，马皇后病逝。生前朱元璋遍访名医但都收获甚微，在临终前马皇后对朱元璋说：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”她知道自己死后无人再能劝谏朱元璋，所以留下这样的遗言。后来有人说，如果马皇后不死，朱元璋晚年或许不会*那么多功臣。可惜历史没有如果。
关于马皇后死后朱元璋的态度，《明史》这样说：帝恸哭，遂不复立后。
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