这一版本中，斯普林特根据文艺复兴大师的名字，为四位神龟命名，并传授他们功夫。拉斐尔的武器是两柄武士叉，达芬奇的武器是两把武士刀，米开朗基罗的武器是双节棍，多纳泰罗的武器是一根武士棍。由于多纳泰罗在国内的知名度较低，所以有时被称作为爱因斯坦，这也许和他经常搞发明创造有关，更容易被观众接受。
看到斯普林特为四位神龟起名后，斯雷德也用自己心目中的英雄，为四只变异蛙人起了名字，它们分别是阿提拉、成吉斯、拉斯普金、拿破仑。经过一番训练后，四只青蛙也有着不俗的实力。
斯雷德指使蛙人去抢劫银行，从而嫁祸给忍者神龟。由于城市受到了威胁，人类组建了一支反乌龟别动队。组建它的目的就是为了消灭乌龟，使城市恢复和平。看到自己被陷害后，神龟们决定找出这些蛙人，从而还自己予清白。
为了组建更多的怪兽部队，斯雷德命令蛙人去盗取制作强效变异剂所需的材料。在艾普利尔的帮助下，神龟们找到了蛙人，但还是让它们逃脱了，只能无功而返。而合成强效变异剂除了蛙人盗取的化学试剂外，还需要另一种药品。而此时一辆卡车正在运输这种试剂，神龟们顺着踪迹找到了这辆卡车。
而蛙人们早已先前一步发现了卡车，就在双方将要决战时，反乌龟别动队赶来了，用冰柱将蛙人冻结了。虽然神龟和蛙人曾经是对手，但它们都属于变异人，反乌龟别动队是它们共同的敌人。所以神龟们并没有抛弃蛙人，而是将它们带回了自己的家。
为了将蛙人争取过来，神龟们将冰块融化。在斯普林特的解释下，蛙人们决定和神龟一起对抗斯雷德。它们将斯雷德引到了监狱中，正准备消灭他时，反乌龟别动队赶来了，大家只能四散而逃。由于并不能适应城市中的生活，蛙人决定回到自己的家乡。
这四只青蛙原本安逸的生活在沼泽中，却阴差阳错地发生了变异。一开始它们助纣为虐，但它们知道善与恶，在神龟们的帮助下，重新走上了光明之路。
这一版的《忍者神龟》充满了搞笑情节，更容易被孩子们接受。人们不仅认识了四位功夫巨侠，它们百吃不厌的“意大利馅饼”也让人印象深刻。品尝一下外国馅饼的味道，成为当年很多孩子的心愿。
