另一个常见问题是新风系统的能量消耗。
为了维持室内空气的质量，系统需要持续运行，这意味着源源不断的能源消耗。尤其是在冬季或夏季使用暖气和空调时，新风系统的长时间工作会增加额外的能源压力，这不仅对家庭预算构成挑战，而且也有悖于当前社会推广节能减排的理念。
此外，如果新风系统的安装和设计不当，可能会导致室内空气流通不均匀，从而降低其改善空气质量的效果。
例如，进风口和出风口的位置安排不合理，可能导致某些区域空气滞留，形成死角。这样不但不能有效更新空气，反而可能使局部区域的污染物浓度增加，违背了新风系统的初衷。
新风系统的滤网是保障空气质量的关键，但滤网的选用和更换周期也需要科学合理。如果滤网的质量不过关或者更换周期过长，不仅不能有效过滤室外污染物，还可能成为细菌和霉菌滋生的温床。一旦这样的污染源形成，反而会对室内空气质量造成更严重的影响。
