后经明朝廷颁赐金册，又于清初接受了顺治皇帝的正式册封，以五世达赖罗桑嘉措受封为标志，达赖转世系统才获得了中央朝廷的正式认可。
也就是说自三世开始，前两代达赖的尊号实际上都是追封而得。
而“班禅额尔德尼”这个尊号，最初得自蒙古和硕特部首领固始汗，是赠送给扎寺第十六任赤巴罗桑曲结的尊号。
“班禅”是 “班禅博克多”的简称，意为“大学者智勇之人”。
到康熙年间，康熙皇帝正式颁布了册封五世班禅为“班禅额尔德尼”的金册金印。
这意味着相隔136年之后，班禅额尔德尼转世系统由中央政府正式认可、获得了与达赖系统平起平坐的地位。
明朝时期，格鲁派在藏蒙地区的影响力已经不可等闲视之。
到了清朝，中央政府更是将扶植黄教（即格鲁派）作为安定西藏乃至蒙古部分地区的主要方略。
在与政治权力牵扯颇深的升沉变化中，两大系统之间不乏相互扶持、互为援助的实际举动。
其中最具传奇色彩的故事，发生在四世班禅与四世达赖、五世达赖之间。
16世纪末，三世达赖索南嘉措在远离西藏故土的蒙古圆寂，诸多高僧上师宣称占卜显示：转世灵童将出现在內蒙地区。
根据相关的种种讯息，蒙古土默特部俺答汗的曾孙苏密尔台吉被认为就是众目所瞩的转世灵童。
顺便说一句，俺答汗就是第一个将“达赖”尊称赠予索南嘉措的人。
拉萨方面随即由三大寺选派要人组成代表团，远涉内蒙亲自去识别“灵童”，三世达赖的大管家巴丹嘉措也在这个团队当中。
确认身份后，苏密尔台吉一直在内蒙古长到13岁，才由三大寺派人迎请入藏，并于藏北热振寺举行了坐床典礼。
苏密尔台吉受戒后法名云丹嘉措，意思是“功德海”，他就是后来的四世达赖。
他先在哲蚌寺受沙弥戒，拜甘丹寺赤巴格敦坚赞为师。
数年后又前往后藏札什布伦寺，向该寺赤巴罗桑却吉坚赞（后被尊为四世班禅）求法，并拜他为师受了比丘戒，这就是班禅、达赖两大系统产生师徒联系的起源。
据记载，当时格鲁派在西藏地区的地位并非完全稳固，因此达赖系统非常重视对云丹嘉措的培养。
时任札什布伦寺赤巴、后被尊为四世班禅的罗桑却吉坚赞是当时极有声望的格鲁派高僧，达赖系统认为他既有才学又年富力强，是担任四世达赖经师的不二人选。
而且，四世达赖首次前往扎什伦布寺时，四世班禅也率领全寺僧众远道迎接，充分表达敬意，两人在论法期间相处也十分融洽愉快。
于是，等到四世达赖到了受戒年纪，洛桑曲吉坚赞便受邀前往，正式确定了两人的师徒关系。
