直到2月23日中午，也就是马加爵作案结束后的第九天，逃亡后的第六天，寒假返校不久的云南大学北院鼎鑫学生公寓6幢317宿舍的两个学生闻到了有异味，于是就开始打扫宿舍卫生。
在打扫过程中发现，有一个衣柜里有液体流出而且还飘散出臭味，学生于是报告了学校的保安处。保安撬开衣柜之后发现了藏在其中的四具尸体，当时都吓得不轻，立马报告了有关方面，马加爵事件才逐渐公之于众。
经过侦查后，确定了马加爵就是作案凶手，遂开始对马加爵展开了抓捕行动。
马加爵在2月18日的半夜，他乘车到了三亚，混入了乞丐的队伍中。从2月24日起，马加爵被全国通缉，通缉令贴满了大街小巷，他也不敢去店里买吃的，只有捡拾街上的残羹剩饭。晚上在招待所、银行、商店门口睡觉。
为了尽快将马加爵抓捕归案，有关方面给出了二十万元的悬赏金额。
6、归案
2004年3月15日晚上，在马加爵逃亡了一个月之后，海南三亚的一个摩的司机发现了马加爵的身影，由此马加爵被抓住了。
马加爵的罪行当然足以构成死刑。辩护律师请求对马加爵进行精神鉴定，以求能从轻发落，但没有实现。2004年4月24日，马加爵案件公开宣判，判处其死刑。
审判的最后，当法官问他有没有需要辩护的话时，马加爵面部表情异常复杂，似笑非笑，似哭非哭，低着头说“我也没什么话说，我也希望，处以极刑。”
2004年6月17日，马加爵被执行了死刑。
7、恶行缘起
一个曾经的天之骄子，为何如此心狠手辣，残害四名同学的性命呢？许多人都想知道原因。马加爵说，是因打牌发生口角所致。
据著名犯罪心理学专家李玫瑾说，马加爵说谎了。
真正原因是，马加爵在校外嫖娼的行为被同学发现了，并告知了其他同学，这使得马加爵自尊心无法承受，是他*人的直接诱因。当时没有揭穿马加爵，只是不想给他的家人造成过多的伤害。
8、与人为善，就是与己为善
无论马加爵的*人动机是什么，本质都在于他有一颗太过封闭和敏感的心灵，这和他的性格特质密不可分。
从小他就内向，不善言语，长大后有过之而无不及，整个人完全在自我的一个小世界里。这种类型的人，对外界任何的言语反馈都异常的敏感，进而可能产生过激的思想和行为。
自尊心很重要，但也不能太过强烈，需要把握好尺度。原本别人无关痛痒的言行，切莫自我“升华”，最后害人害己。
马加爵*了四个人，但却放过了唯一一个曾经帮助过他的人。对别人友善，有时就能救自己一命。良言一句三冬暖，恶语伤人六月寒。多一些赞美，少一些讽刺和指责，我们的生活环境会变得更美好。
