来到了法庭，马来西亚将这些年的怨气全都吐了出来，不仅德光岛填海工程，连大士港的填海也将对自己留下不可磨灭的后遗症，必须立即停止。其理由有如下几方面：
1、新加坡的填海项目将造成柔佛海峡水流加急加快，砂石不可避免地流向海底，造成柔佛海峡海域水深日益变浅、航道变窄，这让本就不宽的柔佛海峡通行更加困难；
2、新加坡的填海工程将会影响柔佛海峡的通航，导致使用柔佛海峡前往自己两个重要港口丹戎帕拉帕斯港和巴西古当港的船只，因为通航不便，不得不前往新加坡的港口，这简直是违反了反不正当竞争法啊；
3、填海会破坏附近海域海底生物，破坏附近海域原有的海洋生态环境、污染海洋，就算是新加坡自己的海，也会波及马来西亚海域，影响马来西亚渔民的收入；
4、还有可能影响马来西亚的国家安全，因为距离德光岛填海所在地不到500米的位置就是马来西亚海军训练中心，这严重威胁了马来西亚的安全。
因此，马来西亚要求新加坡立即停止填海工程。
对于马来西亚的指责，新加坡方面露出了一副无辜的表情。
在大士地区以及德光岛的填海都是在自己的领海范围内，而且主要是集中在内侧，根本就没有阻碍船只前往丹戎帕拉帕斯港和巴西古当港，明明是我的港口更便利，人家不去你那里卸货关我什么事？大士地区的填海跟丹戎帕拉帕斯港之间隔着几公里宽的航道呢，根本就没影响，至于巴西古当港跟德光岛更是搭不上边，对柔佛海峡原有的航道更是不影响，因为自己是在航道以外的岛屿岸边浅水处进行的。
至于渔民收入，这片才多大面积？在这打鱼来往货轮那么多，不怕被撞翻了？竟然还编出来影响你的国防安全，我们家就这么大点地方，怎么办？谁让当初英国把圣诞岛和科科斯群岛强行划给了澳大利亚呢。也就是破坏海洋生态这条还靠点谱，但是不填海，怎么发展经济？
2003年7月4日，马来西亚发出外交照会，要求将双方争议问题提交到《联合国海洋公约》仲裁庭，不过在仲裁庭开庭之前，要求新加坡采取一定的临时措施，暂停填海工程。否则就去国际海洋法法庭打官司。
这让新加坡不能答应，停工一天损失的可都是钱啊。7月17日，新加坡回复马来西亚，时间太匆忙，临时措施做不到。不过鉴于两国一衣带水的关系，新加坡可以向马来西亚提供有关工程的全面技术调查报告，并保证不会影响到马来西亚，有问题咱们坐下来商量嘛。
谁想闹到法庭上丢国际的人呢，8月13日，马来西亚就派人到新加坡进行了会谈，会议在友好的氛围下进行，没说一句脏话，但马来西亚一根筋，坚持强调只有新加坡终止德光岛填海工程，否则免谈，最终双方不欢而散。
既然新加坡不吃马来西亚这一套，那就只能到法庭上打官司了。
马来西亚要求法庭对新加坡采取措施，要求在判决之前停止新马边界一切填海工程，提供新加坡在建工程的所有信息，以便于马来西亚做出评估。
新加坡针锋相对，首先就说马来西亚违法了，《海洋公约》要求有争端要先进行谈判解决，咱们明明在8月已经开始谈了，这才9月5日，只谈了一次你就上诉到法庭，明显不合规矩，你赶紧撤诉，咱们接着谈。毕竟这也不是什么晚一秒就会造成不可挽回的大事。
10月9日，是负责新马填海争端仲裁庭成立的日期，在此之前海洋法法庭无权采取临时措施。
而且马来西亚指出，马国声称自己领海被侵犯，这与事实不符，因为在1927年、1995年，双方已经签署了双边条约，马国声称的被侵犯领海并不存在。
这一顿操作让马来西亚懵了圈。
