新加坡和马来西亚、印尼这两个邻国的关系都不算好，尤其是和马来西亚之间还存在历史恩怨：1963年9月脱离英国殖民统治的新加坡加入了马来西亚联邦。然而这场结合从一开始就潜伏下了分家的种子：新独立的马来亚联合邦是个多元种族社会——马来人和非马来人（主要为华人和印度人）几乎各占一半。新加坡人口主要由华裔、马来裔和印度裔组成，其中华裔占新加坡总人口的74.2%。
新加坡加入马来西亚直接改变了马来西亚的种族结构。本来新、马两地之间的种族冲突就比较尖锐，而两地之间的党派矛盾进一步刺激了双方的对立：马来西亚的独立是在东姑阿都拉曼领导的巫统奋斗下实现的，于是巫统成为了独立后的马来西亚的执政党；而新加坡的执政党是李光耀领导的人民行动党。1963年由巫统、马华和国大党组成的联盟党在中央政府的支持下参加了新加坡州选举。
然而联盟党不仅未添一席，连原有的三个选区也被人民行动党夺取。一时间在马来西亚国内“马来人至上”和反种族主义两种呼声针锋相对，随后新加坡商人指责马来西亚中央政府没给他们和其他州属一样的权利；马来西亚中央政府则要求新加坡将上缴中央的税收从4成增加到6成，同时指责新加坡华人暗通中国。此时身为马来西亚首相的东姑阿都拉曼为维持马来族对国家的统治而将新加坡驱逐出马来西亚。
事实上新加坡并非对此心甘情愿——李光耀在其回忆录里不无伤感地提到：在新马正式宣布分离那天他感到马来人如休妻般地抛弃了新加坡。独立之初的新加坡是一块潮湿、混乱，极不安宁的小岛，黑社会势力猖獗、妓娼遍地、毒品泛滥，绝大多数人居住在简易棚或茅草房中，卫生条件极差，教育水平落后，没有统一的文化和语言，甚至连日常生活所需的淡水资源也要依靠马来西亚供给......
