荷兰人在台湾面对的第一个问题，也是之前中国政权渡海台湾最头疼的问题，如何搞定原住民。
台湾的原住民不仅仅是高山族一族可概括之，实际是我国政府在新中国成立之初做民族认定时，由于两岸隔离，无法对台湾少数民族做有效认定，进而统称为高山族。
台湾原住民有几个特点，一是多而杂，小小的台湾岛，细分起来，竟然有十几个少数民族，且很多起源不同，语言不同，互不统属。
二是特别原始，也特别彪悍，很多部落看到陌生人，二话不说，先割个头吧，包括后面的日本人占领台湾时也没在台湾原住民那讨到便宜。
荷兰人对原住民的管理，用了三种手段，分别是“怀柔”，“武吓”，“奴化”
荷兰人上岛后，首先接触的是平埔族中的西拉雅村社，该族以前就经常接触外界，对外面来的人特别友善。经常与外面的人贸易与获得武器，来攻打其岛上它部族。
所以看荷兰人上岛了，西拉雅村社可乐和了，马上前来亲近，尤其是其下的新港社。荷兰人也聪明，用15匹棉布换来新港社的土地使用权，做了个好买卖。
荷兰人对西拉雅村社的新港社，采用的是典型的怀柔。
西拉雅族妇女画像
但是平埔族还有一支叫麻豆社，和新港社特别仇视，还和日本人特别亲近，经常联合倭寇余孽来*扰荷兰人。
1629年7月底，海盗三脚大爷在麻豆社一带出没，荷兰长官遂派遣60多名士兵前往搜捕，途中必须经过一条溪流，麻豆社人主动表示要替荷兰人背枪、背人过河；荷兰士兵不疑有诈，走至河中央时，岸边埋伏的麻豆社人一举冲出，士兵全数被歼灭。
后面荷兰人在第四任长官普特曼斯（Hans Putmans）的命令下，展开对麻豆社惩罚性讨伐行动，调派了230名武装兵力袭击麻豆社据点，纵火迫使麻豆社代表前来商谈，而后签订停火协议，
普特曼斯又在1635年11月底，带着500人，联合新港社，进攻麻豆社，把麻豆社老巢烧了个干净，搞得麻豆社元气大伤，最后在荷兰人武吓之下，乖乖臣服，还签了个签订《麻豆协约》。
《麻豆协议》签订之后，周边其它村社也知道荷兰人的厉害，纷纷过来归顺了。
荷兰人统一了台湾西部这些部落后，要求不许族群“私斗”，只能参与“公战”。
