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然而，日本的其他氏族对于至高无上的权力同样垂涎欲滴，尤其是贵族子弟与武士家族。日本天皇的大权旁落，由外戚专权，然后发展成幕府统治。
无论是开先河的藤原氏、源氏和平氏，还是后劲勃发的镰仓、室町、江户。凌驾于天皇的权力之上的幕府统治者，也被称作征夷大将军或幕府将军。
在幕府统治下的天皇，只有宗教上的权力，兵权还有财政以及政治上的权力全部牢牢掌控在幕府将军手中，有种“挟天子以令诸侯”的形势。
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那时，天皇的日子与从前相比，天差地别。住的是漏水的房子，吃饭没钱的时候只能写字作画，然后拿到集市上贩卖。卑贱到不如平民。
更可笑的是，新登基的天皇无钱筹办登基仪式，甚至在接受大臣觐见的时候，都要到当铺赎回朝服。
对于天皇而言，看着本属于自家的东西被夺走，他当然不会甘心，这才有了明治天皇上位时的“倒幕”，收回了实权，开启了近代天皇制度。
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武力与政治相争，日本明治天皇再次拿到了所有权力。而后进行了“明治维新”，巩固地位后促进发展，让日本正式进入近代史阶段。
不过，天皇的权力与中国古代的权力有所不同，更靠近“普鲁士·德意志”的皇帝。
比如：天皇被赋予“神圣不可侵”的地位和至高无上的权力，而广大人民只有“永远服从”的无权地位，属于天皇的臣民。
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然而，这次的天皇制度与以往更加不同的是，强烈的军国主义思想。这导致了日本法西斯侵略扩展领土的行为。而这一切，都是在日本天皇的授权下进行。
由此可见，天皇的权力确实再次上升到了一定高度，但军事独裁却让天皇走向了更加偏激的道路。
