黑人领袖杜桑·卢维杜尔领导了反抗英国人的战争。他原为种植园的奴隶，参加1791年黑人起义后在圣多明克北方率部活动。西班牙与法兰西共和国爆发战争后，他加入西班牙军队，成为保王党的雇佣兵头。1794年，由于英国军队的入侵，他带领部队从西班牙军队中哗变，并转而参加法兰西共和国的军队。杜桑·卢维杜尔及其属下得到了美国的支援，从美国得到船只和物资供应。1798年，英国干涉军统帅梅特兰与杜桑·卢维杜尔签订了和约，撤回军队。
英国撤军后，杜桑·卢维杜尔转而攻打南部和西部的混血人地盘，圣多明克全境至此已都在他的控制之下，卢维杜尔成为圣多明克实际上的统治者（他在1799年被法国执政内阁任命为总督）。随后他命令那些被释放的奴隶结束游荡，回到土地上去劳动。
1801年7月1日海地颁布第一部宪法，宣布永远废除奴隶制度，居民在法律面前一律平等，私人财产不可侵犯，提倡贸易自由。属于黑色人种的杜桑·卢维杜尔任终身总统并有权选择继承人。
1801年12月，拿破仑·波拿巴任命自己的妹夫查尔斯·勒克莱尔为法国远征军司令，率领54艘战舰组成的舰队和3万名士兵远征海地。1802年2月2日，法国军队抵达海地角。海地角地区的起义军在亨利·克里斯多夫指挥下坚决还击，并烧毁海地角。不久，为了摆脱法军的包围，起义军撤退到内地和沿海山区。起义军另一将领德萨林在海地西部太子港等战役中亦严重受挫。在起义军失利的情况下，杜桑·卢维杜尔被迫与法军议和。
1802年6月，法军统帅勒克莱尔设计诱骗杜桑·卢维杜尔到海地西部的戈纳伊夫，将其逮捕并押送到法国。勒克莱尔背信弃义的行动激起海地人民极大愤怒。在海地起义军领袖德萨林、克里斯托夫以及A.S.佩蒂翁的领导下，起义军发动强大攻势，痛歼法国远征军。
1802年秋，拿破仑又派了1万名法军前来增援，但依然无法彻底击败圣多明克的黑人大起义，这些法军不过是来送死罢了。1803年11月，被黄热病折磨的奄奄一息的法军被迫从海地撤退。至此，4万法军有3.5万人阵亡，其中绝大部分死于黄热病。而此时的欧洲大陆，拿破仑率领法军战无不胜，打的欧洲各国魂飞胆丧，但却对一个小小的北美洲殖民地加勒比岛屿——海地无可奈何。
圣多明克，这个发着金光的钱袋子终于离法国人而去。后来，拿破仑因为频繁发动战争而需要大量的军费，同时也处于讨好美国牵制英国的目的，把法国北美洲殖民地路易斯安那地区出售给美国，结果使得美国的领土几乎扩大了一倍，并由此奠定了美国日后崛起的基础。而法国人在北美洲的“影响力”，只能退缩到加拿大安大略省一隅之地和新奥尔良等少数几个城市。法国人企图在美洲建立庞大的世界殖民帝国的计划*。这里顺便说一下，北美洲法属路易斯安那领地，最初包括美国中部由密西西比河口至加拿大边境的很大一部分地区。1803年，拿破仑无奈将整个路易斯安那领地以每英亩4美分的低价卖给美国，史称“Louisiana Purchase”（“路易斯安那购地案”）。此后，美国政府从法属路易斯安那领地中先后划分出15个州。1812年4月30日，路州成为美国第18个州。
1803年11月18日，海地黑人起义军将领德萨林攻陷法军最后一个堡垒佛悌埃斯，法军被迫投降。11月29日，海地正式公布《独立宣言》。算下来法国人统治海地123年，加上西班牙从1502年开始的177年的殖民统治，海地经历了整整300年的欧洲殖民统治。
1804年1月1日，法属圣多明克宣告独立，同年9月22日，杜桑·卢维杜尔的属下让-雅克·德萨林称帝，建立海地帝国，自称“雅克一世”。“海地”一词来自印第安人的泰诺语，意为“多山之地”。德萨林随后发动了灭绝全部幸存白人的战役。
让-雅克·德萨林是海地的第一位统治者和第一位皇帝，为海地制订了一部高度中央集权的宪法，在海地北部确立了土地私有制，把被驱逐的法国人的产业分配给黑人和黑白混血人。他依靠军事手段实施管理，恢复农业，并把农业收成平均地分配给农民和工人。但是当他试图把在北方行之有效的这套制度用在南方时，却遭到了反抗。德萨林采取强硬手段来推行改革，这些措施反过来又造成政变。
1806年，德萨林被暗*。亨利·克里斯多夫当选总统，实行铁腕统治。穆拉托人（黑白混血人）起义军领袖亚历山大·佩蒂翁反对克里斯多夫专权，海地分为南北对峙的两个政权。1811年亨利·克里斯多夫宣布“海地国”为“海地王国”，自称“亨利一世”。1820年克里斯多夫在一次政变中吞枪自尽。
在海地南方，佩蒂翁将大地产划分为小块的农耕地，此举虽然得人心，但在经济上却是灾难性的，造成蔗糖的出口量大幅度下降。佩蒂翁在1818年去世，他的继任者让-皮埃尔·布瓦耶统一了海地，并一直统治到1843年。
波旁王朝在法国复辟后，对海地提出了索赔要求，要求其赔偿独立战争期间没收的白人种植园。这一要求在1825年遭到拒绝，法国于是派遣了一支舰队来封锁伊斯帕尼奥拉岛，强索3000万美元的赔偿。布瓦耶最后同意支付1800万美元，但是海地无力支付，于是同法国展开谈判。谈判的最终结果是把赔款减为1200万美元，在30年内支付，每年支付40万美元。为了应付赔款，布瓦耶减少了政府开支，并在农村采取军事管理政策，以期维持农业生产。巨额战争赔款，无疑给新生的海地经济社会发展戴上沉重锁链。
1843年，一场地震毁灭了海地首都海地角，太子港则毁于大火。在混乱中，一名黑白混血人夏尔·埃拉尔发动了政变，迫使布瓦耶逃往牙买加。这里顺便说一下，1496年西班牙人在海地岛东部建立圣多明各城，成为欧洲殖民者在美洲的第一个永久性居民点。圣多明各1795年归属法国，1809年复归西班牙。伊斯帕尼奥拉岛（海地岛）全岛最终被欧洲殖民者生生分割为两部分，西部为法属殖民地圣多明克地区，也就是今天的海地共和国；东部则为西属殖民地圣多明各地区，即今天的多米尼加共和国。多米尼加是在1844年2月27日独立的，海地和多米尼加两国拥有392公里的陆地边境线。
