二战后的强制种族迁徙彻底改变了捷克斯洛伐克的人口结构——本来作为捷克斯洛伐克第二大民族的日耳曼族在捷克斯洛伐克变成了一个在总人口比例中微乎其微的少数民族。德国占领捷克斯洛伐克期间将捷克作为自己的保护国，而斯洛伐克则独立出去成为德国的仆从国。1945年苏军解放捷克斯洛伐克后捷克和斯洛伐克再次作为平等主体联合成为捷克斯洛伐克。
1945年6月29日苏联和捷克斯洛伐克在莫斯科缔结了关于外喀尔巴阡乌克兰同乌克兰苏维埃社会主义共和国合并的条约：根据1919年的《圣日耳曼条约》并入捷克斯洛伐克的外喀尔巴阡乌克兰重新合并到作为苏联加盟共和国的乌克兰苏维埃社会主义共和国。这次领土变更使捷克斯洛伐克失去了最东部面积约为1.26万平方公里的外喀尔巴阡乌克兰地区。
重新独立后的捷克斯洛伐克颁布《科希策会议》纲领：捷克和斯洛伐克两个平等民族的共同国家，但宪法规定斯洛伐克行使立法权、行政权和执行权，国防、外交、贸易则不属于斯洛伐克直接管辖。由于捷克斯洛伐克是在苏联的帮助下取得解放的，因此在战后理所当然成为了苏联阵营的成员之一。捷克斯洛伐克在民族政策上也全面效仿了苏联的民族制度。
捷克斯洛伐克按照族群建立各民族的政党，然后将政治和经济权力在各民族党之间分配。斯洛伐克作为捷克斯洛伐克联邦中的少数民族还受到了一定程度的照顾：斯洛伐克人杜布切克和胡萨克先后成为捷克斯洛伐克党和国家的*，而在由人民院和民族院组成的立法机关中是以等额人口做为选举基础的——在150名代表中75名来自捷克，75名来自斯洛伐克。
