第二共和国被迫合作，执行日本的政策和命令，并承认了菲律宾和日本之间的友好关系。
然而，随着二战局势的恶化，菲律宾人民开始反对日本占领，第二共和国的权威也开始动摇。在1945年菲律宾被美国解放之后，第二共和国的政权宣告结束。许多其成员被控告为战争罪犯，并被迫接受审判。
菲律宾第三共和国成立于1965年，是菲律宾历史上的一个政治时期。这个政权由菲律宾总统费迪南德·马科斯领导，标志着菲律宾迎来了一个新的时代。
在第三共和国期间，菲律宾经历了许多政治和社会变革。马科斯政府采取了一系列的经济和社会政策，包括实行土地改革和推行工业化等。他还着手打击贪污和犯罪，推动了新宪法的颁布，以及一系列的立法措施。
然而，在马科斯统治期间，政府的一系列政策导致了政治迫害和人权侵犯，以及一系列的抗议和示威。此外，马科斯政府还被指控通过选举舞弊和压制反对派等手段来保持其权力。并且废除民主选举，其后20多年的菲律宾处于专制独裁的“马科斯时代”。
在1986年，马科斯政府被推翻，标志着第三共和国的结束。这场政治变革被称为“黄色革命”，由总统科拉松·阿基诺领导。在这个新政权下，菲律宾开始了一个新的时代，探索新的政治和社会发展道路。
