印尼本身就是多民族国家，境内民族多达数百个，包括爪哇族、马来族、巽他族等，官方语言是印尼语，而民族语言有两百多种。
这些民族之间由于地域上相隔较远，语言不同，文化并不相近，信仰也不同，缺少沟通和交流，对彼此的认同感很低，存在一定程度的隔阂，这就加剧了政治内耗。
像爪哇族这样人口较多的主体民族，还常常以主人的身份自居，打压其他民族，引起许多不满。
印尼的宗教情况也十分复杂。当地有八成的人口信奉伊斯兰教，是世界上穆斯林人口最多的国家，其他人则信奉基督教、印度教、佛教等，然而，宗教之间并不能做到很好地包容理解。
近十几年来，印尼的伊斯兰教受国际恐怖组织的影响，形成了一些恐怖组织团体，造成了极其恶劣的影响。
很长一段时间内，印尼国内政治、文化、宗教等方面的矛盾很是尖锐，这些矛盾很容易就升级为冲突，甚至是严重的内战。
这样一来，倘若有外敌来袭，印尼便很难凝聚起国内的力量去抵抗。
而要如何消除岛屿之间的隔阂，增强整个国家的凝聚力，从而解决种种矛盾冲突，是印尼领导者需要努力解决的难题。
总而言之，有许多种困难阻挡着印尼成为一个区域性强国，而这些困难也不是一朝一夕能够解决的。
印尼要想有长足的发展，在现代国际社会占得一席之地，仍是路漫漫其修远兮。
