爱丽丝梦游仙境。有人偷了我三块水果蛋挞。你偷了我的蛋挞？不是陛下，我实在饿极了，砍他的头。我还有未成年的孩子，去把他的孩子们都抓来。我喜欢红烧田鸡，更喜欢烤蝌蚪。
这个脑袋畸形的红皇后脾气暴躁，可她的妹妹白皇后却温柔善良。其实小时候的红皇后远比白皇后可爱，那怎么会变成现在这个样子呢？切都要从小时候说起。白皇后因为嘴馋偷吃了留给父亲的果挞。碎屑掉在了地上，她害怕遭到母亲的责备。于是就将碎屑踢到了姐姐红皇后的床边，还恶人先告状将这件事告诉母后。母亲生气地质问红皇后有没有吃？又看了看床下。红皇后让妹妹赶紧说出真话，妹妹却一口咬定就是她吃了果挞。
母亲只相信柔弱的妹妹，根本不相信她。红皇后被冤枉很委屈地跑了出去，一不小心摔倒头撞在了石像上，连雕像都颤抖了一下，令她的人生发生了巨大的改变。
从那之后，红皇后的个子不再长高，脑袋却是越来越大。而她的妹妹白皇后出落得楚楚动人。很快就到了皇权更替的日子。国王决定把王位传给长女红皇后。
在加冕仪式上，帽匠师将王冠拿起准备戴在红皇后的头上。然而无论帽匠师怎么调整角度，王冠却始终无法扣在她的头顶，没办法，皇后的脑袋实在太大了。最后帽匠师一使劲，王冠破碎宝石撒了一地，这直接引来全场哄堂大笑。在场的所有人都不顾红皇后的感受，恼羞成怒的红皇后发誓，她要把所有人的嘴巴全都给缝上，把他们的头颅全部砍下来，让他们一辈子都笑不出来。
国王觉得她说话过于残暴，没有一点女王风范。于是宣布把王位传给她的妹妹白皇后。红皇后觉得所有人都不喜欢她，大家总是偏向美丽可爱的妹妹白皇后。于是红皇后彻底黑化了。她的头变得越来越大，为了发泄心中的愤怒。红皇后带着自己的恶龙烧掉了宫殿，去别的地方建立了一个属于自己的王国。两姐妹之间的仇恨就此产生。在千年一次的棋盘战役上，红白皇后需要各自派出一个勇士，代表自己前去战斗。
白皇后想要打败红皇后的恶龙，就必须要找到一个名叫爱丽丝的女孩。而此时的爱丽丝正在被一个男人求婚，看她那不情愿的样子，显然对这场婚礼比较排斥，一只兔子吸引了爱丽丝的注意。她跟着兔子跑到了一棵大树下。她朝洞口向里张望，却不小心掉了进去。
经过漫长的坠落，爱丽丝来到了一个密室里，她看见桌上有一瓶水，上面还写着提示她喝下去的字。爱丽丝想都没想就喝了下去。她的身体瞬间开始缩小，变小后的爱丽丝穿过一道小门，进入了一个神奇的世界。在这里她遇到了一群奇怪的生物，里面有穿着礼服的兔子，长着人脸的玫瑰花，没有脖子的大头兄弟。还有很多会说话的小动物，他们带着爱丽丝找到一只蓝色的毛毛虫。它是地下世界的先知。从它手中的预言卷轴得知，爱丽丝将手持神剑斩*红皇后的恶龙。爱丽丝认为是自己在做梦，于是掐了一下自己，但依旧没有醒来。就在此时，长毛怪带着红桃卫兵赶到，对动物发起了进攻。爱丽丝也被逼到角落里。千钧一发之际，一只佩剑的小老鼠出现，跳到长毛怪身上，用佩剑挑走了长毛怪的眼珠，爱丽丝才得以逃走。独眼骑士捡到了预言卷轴，发现了爱丽丝手持神剑*死恶龙的秘密。红皇后得知自己的爱龙，最后会被爱丽丝*掉。为了不让预言成真，红皇后命令独眼骑士全力追*爱丽丝。此时的爱丽丝正在森林间游荡，她遇到了三月兔和疯帽子。疯帽子再次向她提起了斩*恶龙的事，可爱丽丝还是不信，她不会斩*任何人，更不会去和恶龙决斗。独眼骑士带着红桃卫兵前来搜查。疯帽子带着爱丽丝一路狂奔，穿过树林之后前面没了去路，她将爱丽丝放在帽子上，用力甩到河对岸。但疯帽子自己却被红桃卫兵抓住，成了红皇后的阶下囚。爱丽丝自责不已，她收起内心的胆怯，鼓起勇气骑上猎犬，朝着红皇后的宫殿奔去，走过满是头颅的护城河。穿过城墙的石缝，她进入到了城堡里面。此时的红皇后正在打高尔夫，她以火烈鸟为球杆，将刺猬击向了爱丽丝的方向。她派出兔子前去查看，白兔得知她是来救疯帽子，但是现在的爱丽丝大小救不了任何人，于是白兔给了她一块能变大的蛋糕。或许是吃的量有点多，爱丽丝的身体迅速增长直接和城墙平齐。可能是自己脑袋大的原因。红皇后一直很喜欢大到畸形的东西，于是便把爱丽丝带到了城堡当做贵宾对待。
爱丽丝找到了被关押的疯帽子，疯帽子告诉爱丽丝能打败恶龙的神剑就藏在地牢里。爱丽丝来到地牢，发现神剑被长毛怪看守着。这长毛怪凶猛无比，爱丽丝决定用爱来感化它。她要来了之前小白鼠挑下的眼珠，将它还给了长毛怪，其实长毛怪本性并不坏。看到爱丽丝这么善良，还伸出舌头舔纸她的伤口，拿到神剑的爱丽丝被红桃卫兵团团围住。这时不愿再受红皇后压迫的长毛怪救走了爱丽丝。带着她逃往白皇后的城堡，爱丽丝将神剑交给白皇后。而另一边因为爱丽丝偷走了神剑，红皇后大发雷霆，随着大斧落下。疯帽子竟然奇迹般的飞到了上空，原来是大嘴猫使用了幻术。此时真正的疯帽子钻了出来，他揭穿了红皇后身边人的虚伪和谄媚。原来他们都是正常人，只是为了恭维红皇后才特意伪装成畸形。得知自己被欺骗的红皇后十分生气。下令把这些人全都*掉。疯帽子趁机煽动群众推翻暴政，看到身边的人一个个都众叛亲离。红皇后内心很不是滋味，让人对她产生恐惧比让人尊敬更为重要。恼羞成怒的红皇后召唤出吃人的大鸟，对着人群发起了进攻，整个刑场乱作一团，疯帽子带着朋友们逃了出去。他们找到白皇后，红皇后已经决定出战。白皇后也不胆怯，立即通知全城勇士准备迎战。但就在此时爱丽丝却退缩了，她找到即将破茧成蝶的毛毛虫先知。先知唤醒了爱丽丝童年的记忆，她重拾信心，跟随大部队来到了棋盘战场。决战前，白皇后说其实没有必要发生战争，可红皇后对小时候那件事一直耿耿于怀，坚决要一分高下。随后大战开始了。爱丽丝一手拿着盾牌，一手拿着万神剑走出人群。
她走到恶龙面前，和恶龙直接开始正面对抗。经过一番激烈战斗，爱丽丝不慎被恶龙击倒在地。疯帽子见状上前出手救助，但这却破坏了棋盘规则，双方大军开始进行混战。爱丽丝跑到一旁的高地上，利用地形的优势和恶龙展开了缠斗，随后跃至空中。没了恶龙的撑腰，红皇后的士兵纷纷放下武器，象征王权的皇冠出现，戴在了白皇后的头上，重新掌管权力的白皇后，决定将自己的姐姐发配到边疆。这时独眼骑士为了向白皇后表忠心，居然要*死跟随多年的红皇后。这让她很伤心，幸好在边疆，她遇到了一个时间领主，自己过生日的时候还会送给她精心准备的礼物。然而这并不是红皇后想要的，她想要时间领主的时空魔球，有了它就可以进行时空穿越，重新改写历史统治地下王国。不久后，她终于得到了时空魔求，然后派人抓到白皇后一起进行了穿越。可是两人去往的地方，并不是要改写棋盘决战的历史，而是她们小时候白皇后偷吃果挞的那一天。她们可以清晰地看到儿时和母亲对话的现场，母亲正在质问到底是谁偷吃的果塔，而白皇后的回答还是和以前一样，撒谎。因为两个时空的人不能见面，时空魔球产生了副作用，整个世界将会被石化。白皇后本来想逃跑，可是看到被石化的姐姐她犹豫了，于是带着变成石头的红皇后一起离开。石化的蔓延速度也越来越快，整个世界都被尘封了起来。在爱丽丝即将把魔球归还之时，自己也暂停了前进的脚步，时间永远定格在了这一刻。忽然一阵细小的电流声传来。时空魔球成功归位，照亮了爱丽丝也净化了整座城堡。她在最后一刻救下了朋友们。红皇后也清醒了，白皇后激动地握住她的手。经历了一场危机后，妹妹终于意识到了自己的错误，她看着伤心的姐姐，说出了让她悔恨的话，我知道，我吃了果挞还撒了谎。当时应该说实话，那一切就不会发生了，我非常抱歉。看到终于意识到做错了事情的妹妹，红皇后也开口说道。
