关元穴是最大的一个穴位，一般认为关元为小肠经之墓穴，主要治疗跟小肠经有关的疾病，还有关元穴是任脉之穴，所以任脉所有疾病皆可考虑用关元治疗。
到底关元善于治疗哪些疾病？《针灸大成》说“主积冷虚乏，脐下绞痛，渐入阴中，发作无时，冷气结块痛；寒气入腹痛，失精白浊，溺血七疝，风眩头痛，转脬闭塞，小便不通，黄赤，劳热，石淋五淋，泄利，贲豚抢心，脐下结血，状如覆杯，妇人带下，月经不通，绝嗣不生，胞门闭塞，胎漏下血，产后恶露不止”。
第一治疗虚冷
所谓的虚冷，其实就是我们常说的阳虚，只要有四肢厥逆，有舌苔厚白，舌质淡，大便溏泄的患者，都可以考虑用艾灸关元的方式改善身体状态。
艾灸关元之后，首先改善的就是人的胃口，然后是全身的寒热状态，久而久之，就会变得阳气旺盛，不那么嗜睡了，变得更加有精神，是扶阳最简单最方便的法门。
第二治疗腹痛
很多人腹痛，主要原因还是因为虚寒，当然有的腹痛是因为便秘，是因为里急后重，这种类型的腹痛就不适合用艾灸的方法来治疗了，艾灸治疗的腹痛，主要还是因为虚寒不能运化水谷，导致积累的生冷之物在腹部不能排出，此时用艾灸的方法，很快就可以获得失气的反应，腹痛可以很快好转。
对于不少妇女，因为虚寒或者肝脾不和导致的痛经，很多时候也可以艾灸的方式马上改善。人类自己的自愈选择，有的时候也在暗示我们治疗的方法，比如很多人腹痛就会喝热开水，会用热水袋，这些都可以帮助人体缓解寒痛。
第三治疗阳痿早泄
中医认为，阳痿早泄的主要原因，其实就是肾虚，有的时候涉及肝郁，如果是肾虚明显，只要有虚寒之象，就可以使用艾灸的方式改善。当然，如果是阴虚比较明显的患者，艾灸可能会受一些苦，但是只要撑过去了，也会得到很好的改善，毕竟艾灸其实可以滋阴扶阳同时进行。
对于肝气郁结导致的阳痿早泄，虽然可以用艾灸，但是还是要非常谨慎，艾灸有的时候疗效并不是很好。
第四艾灸治疗肾结石
对于得过肾结石的患者来说，应该都有一个现象，那就是容易上火，而从脉法上来说，肾结石患者普遍都有两尺脉沉细的现象，也就是说肾结石的阳虚是很明显的，所以治疗时必须考虑温阳利湿，而不是一味的清热利湿。
所以在治疗肾结石的时候，一般都会在滋阴的基础上，利湿，然后重点加入一些肉桂，附子扶阳，只有这样才能化石，一味的利湿排石，很多时候患者会比较痛苦。
第五治疗带下
很多妇科疾病，其实都是因为寒湿太重导致的，比如白带，比如炎症，现代的很多子宫肌瘤，卵巢囊肿等都是寒湿导致的，用艾灸的方法可以很快恢复人体的阳气，虽然刚开始会导致月经失调，比如月经稍微提前，但是长久来看，肿瘤可以很快得到消除。
所以对于经常有妇科疾病的患者来说，每天都艾灸，或者每年艾灸一段时间，对人体是非常好的。
第六改善消渴情况
现代的人绝大多数认为消渴是人体的阴虚，或者叫做气阴两虚，但是真正用艾灸关元之后，我们会发现，消渴的状态会得到改善，这个在中医理论上是比较不好解释的。
不过，也有不少医家试图从三阴治疗消渴来解释这种现象，也就是说我们治疗消渴其实是从中医的脾胃入手的，其实在艾灸关元之后，人的消渴状态会得到很快的改善。
窦材在《扁鹊心书》记载了一个自己的医案：一人频饮水而渴不止，余曰∶君病是消渴也，乃脾肺气虚，非内热也。其人曰，前服凉药六剂，热虽退而渴不止，觉胸胁气痞而喘。余曰∶前证止伤脾肺，因凉药复损元气，故不能健运而水停心下也。急灸关元、气海各三百壮，服四神丹，六十日津液复生。方书皆作三焦猛热，下以凉药，*人甚于刀剑，慎之。
所谓的四神丹：雄黄 雌黄 硫黄各五两为粗末，外加辰砂五钱。制法如大丹。研极细，醋糊丸芡实大。每服十丸，空心米饮下。
其实，艾灸是扶阳的，但是关元穴是任脉的主穴，艾灸关元就变成了一个阴阳兼顾的方法，治疗糖尿病其实关键就是改善人体的代谢状态。一般来说，糖尿病都生于富贵之家，是因为营养过剩导致的，这也是为什么现代人得糖尿病的概率那么高的原因。艾灸关元，短期内是扶阳效果好，但是长期看来滋阴效果也很不错，毕竟“小肠经……是主液所生病者”，只要人体的小肠泌清别浊功能正常发挥，就可以远远不断的产生津液，补充了津液就是补充了精血，就是滋阴。
