德国的北方是日德兰半岛，将德国的海岸线被分为东、西两部分。东部海岸线面对的是波罗的海，而波罗的海和地中海差不多，相对比较封闭。波罗的海国家的大船只要进入大西洋，必须绕过日德兰半岛。
随着工业革命的进行，轮船的吨位越来越大，德国决定重修运河。
在运河的线路上，德国人绞尽脑汁，只有东段与原艾德运河重叠，西段改成向西南方向，连接易北河出海口，距离汉堡港不远。
图-基尔运河西南出入口
1894年，德意志皇帝和普鲁士国王威廉二世，举行竣工仪式，并埋下了最后一块石头。这条运河称为威廉皇帝运河，长度约98.26千米，比艾德运河短得多，通行时间也少得多。后来运河改名为基尔运河，又称“北海-波罗的海运河”，顾名思义旨在沟通北海与波罗的海。基尔运河呈东北-西南走向，东起基尔附近的霍尔特瑙港，西至汉堡附近的布伦斯比特尔。比绕行日德兰半岛，平均节省约460千米。
后来运河进行多次河床拓宽和运河加深工程，允许船只最宽32.5米，最长235米，吨位最大7.4万吨（比艾德运河提升500多倍）。
现在波罗的海的波兰、立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚、芬兰、俄罗斯、瑞典等，通过海运沟通英国、荷兰、比利时、法国、西班牙、葡萄牙等，主要就是通过基尔运河，当然轮船从直布罗陀海峡绕到地中海，还能抵达意大利、希腊、土耳其、北非、西亚等地。
