18年后，杨时去世，杨时的学生在书院的所在地为他建了一祠堂——道南祠，取杨时的老师程颐对他说过一句赞美语：“吾道南矣！”。杨时去世后书院逐渐荒废。元朝，有僧人在原址上兴建东林庵，将学舍辟为东林庵。到了明朝万历三十二年（1604年），由东林学者顾宪成等人在此重新修复并开始讲学，他们倡导的“读书、讲学、爱国”的精神，引起全国学者普遍响应，一时声名大著。东林书院也成为江南地区人文荟萃之地和议论国事的主要舆论中心。
在东林书院讲学之余，提倡“读书不忘救国”，也常常评议朝政。因东林书院的讲学活动引起了明朝末期阉党的强烈妒忌和反对，天启五年（1625年）阉党魏忠贤罗列罪名，毁了天下书院，并向全国公布了一个309人的《东林党人榜》，在全国实行公开通缉逮捕，致使一大批正直官员惨遭*戮。当时的东林书院，除道南祠外，被强行拆毁。到崇祯时期，阉党失势，东林冤案昭雪，崇祯下诏恢复书院。
无锡在1981年和2002年对东林书院进行了全面的修复。保留着当时的石牌坊、泮池、东林精舍、丽泽堂、依庸堂、燕居庙、三公祠、东西长廊、来复斋、心鉴斋、时雨斋、道南祠、东林报功祠等主要建筑，这些建筑也显现了明清时期书院的布局形制与鼎盛时期风貌。
