随后，德国在山东修建铁路，他们强征土地，“遇有坟墓，不待迂迁，即行刨掘”“所至之地，尽将村落民家掀坏”。德国人的行为引起了山东人民的普遍不满，就在曹州教案发生后，山东又爆发了“大足教案”、“冠县教案”。
之后，清朝又派遣张汝梅为山东巡抚，对大刀会等社团进行镇压。在高压之下，秘密社团开始走向公开和联合。1898年，冠县、威县、广平等地的义和拳联合起来，推举赵三多为首领，开始了公开的起义，以“扶清灭洋”“助清灭洋”“兴清灭洋”为旗帜。扶清灭洋的旗帜表明了义和拳斗争的对象乃是洋教，并非清廷，这有利于加速清廷对义和拳态度的转变。
德国人在山东的胡作非为同样让山东官员反感。李秉衡提到“民教之所以积不相触者，则以平日教民欺压平民，教士袒护教民，积怨太深，遂至一发而不可制”。他的属下认为拳民习拳练武“原为保卫身家，防御盗贼起见，并非故与洋教为难”，而且他们“捍卫乡闾，缉治盗匪，颇著成效”。因此，他们建议张汝梅“化私会为公举，改拳勇为民团”。
不过张汝梅的行为却得罪了列强。1899年，清廷迫于压力，改派毓贤为山东巡抚。毓贤是一位狠角色，在担任曹州知府时，“不分良莠，岁余共*二千余人”，于是“声名卓著”，被荣禄赏识。随后，他就升为了山东按察使，继续扩大推行血腥屠*。可是，他担任山东巡抚后又立马改态度，认为“民可用，团应抚，匪必剿”，于是将山东的义和拳、大刀会等一律改称“民团”。
毓贤
拳民烧教堂、*教士，毓贤则睁一只眼闭一只眼，选择纵容。在毓贤的纵容下，山东的义和团运动发展到了顶峰，朱红灯、本明和尚等义和拳首领带领拳民四处攻打教堂，形势逐渐变得不可收拾。随后，列强继续给清廷施加压力，清廷也准备将毓贤撤职。
毓贤见自己地位不保，于是赶紧镇压义和团，捕*了朱红灯和本明和尚。可见，毓贤并没有什么坚定的立场，他的一切措施都是为了保住自己的官位，对国家是否有利，这不是他的考虑范围。1899年12月，毓贤最终被革职，袁世凯被派来担任山东巡抚。
袁世凯担任后，立即对义和团进行了血腥的镇压。于是乎，山东的义和团运动陷入了低谷。
三，义和团运动的高潮和失败戊戌政变后，光绪帝被软禁在了颐和园。但是保守派担心哪天慈禧一旦去世，光绪恢复权力，于是他们极力主张废除光绪，甚至将之谋害。但此时的清朝任何事情都要看外国人的脸色，列强对于另立新君之事是极力反对，这让保守派对洋人产生了敌意。随后，保守派又试图立端王载漪之子溥儁为皇太子，以等待时机废除光绪。
1900年初，清廷将立储一事公布，邀请各国驻京公使入宫朝贺，但是却被列国拒绝。列强为何会支持光绪呢？列强认为光绪帝属于改革派，改革可以让中国变得更加开放，而市场也得以扩大，这是符合列强的利益的。而慈禧太后等保守派显得更加封闭，因而得不到列强的认可。
立储遭到列强的反对后，慈禧太后开始寻求义和团的支持来抗衡诸国。1900年1月，慈禧太后发布诏令，要求地方官员不能镇压民间结社。然而，慈禧太后并未下决心和列强决裂，因而对民团是是剿是抚还处于争议阶段。
袁世凯在山东则无视谕令，坚决采取镇压措施。山东的义和团遭到了史无前例的镇压。不久，直隶总督裕禄邀请义和团河北，于是义和团涌入直隶，他们在督裕的纵容下坛请神、烧教堂、*洋人、*清军、四处破坏铁路、电线等“洋物”
