在给道光皇帝的奏稿中，他写道：“况茶叶大黄，外夷若不得此，即无以为命。”为此，他亲自写了一份准备递交给英国女王维多利亚的文书，颇为自信地强调：“大黄、茶叶、湖丝等类，皆中国宝贵之产。外国若不得此，即无以为命。”他以此发出警告，想迫使英国人遵纪守法，回到正轨上来。
林则徐抗英有功，最终却遭投降派诬陷，被道光帝革职，流放新疆，他忍辱负重，道光二十一年（1841年7月14日）踏上戍途。
在赴戍途中，仍忧国忧民，并不为个人的坎坷而唏嘘，当与妻子在古城西安告别时，在满腔愤怒下写了“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的激励诗句。这是他爱国情感的抒发，也是他性情人格的写照。
1842年，在流放新疆伊犁的途中，他给友人信中的一段话，道出了不为人知的心声：“敌人的大炮射程远达十里内外，我方炮弹打不到他们，他们已经先打到我方，这是武器不如人之处；敌人放炮如放连排枪，可连续不断，而我方则是放一炮后再装填一发，辗转费时，这是技术不如人处。
敌方胜过我方，就是武器精良，技术精湛。因此要战胜敌人，第一要务就是拥有他们那样厉害的炮。舍此而外，即使岳韩在世，也束手无策，徒唤奈何！”
林则徐也许感觉到在那个腐朽没落的王朝“太刚易折”，他开始学会了自保。他在给友人的这封信中，林则徐明明知道大清的长矛弓箭不是船坚炮利的英国人的对手，却小心翼翼地千叮万嘱，请朋友务必严守秘密，绝不能将他这一看法透露给别人。这和那个铁骨铮铮，苦胆忧天的“林青天”似乎差距太大。
在新疆，由于林则徐早已声名遐迩，他的爱国情怀和崇高情操，在晚清官场就像泥石流中的一股“清流”。
伊犁驻军将军布彦泰不但热情照顾林则徐，还在政务上征求他的意见。林则徐协助布彦泰垦田勘荒。伊犁开垦成效显著，带动南疆掀起兴垦热潮。
林则徐的“屯田”不但巩固了边防，还解决了边防的粮食问题。
在任滇都时，他提出整顿云南矿政，鼓励私人开采，提倡商办等主张。这反映出他的思想中包含着萌芽中的资本主义思想。
1849年，林则徐因病辞归，结束了他的政治生涯。在回家的路上，他在湖南长沙的湘江上特地约见了左宗棠，把从新疆带回来的新疆地图等资料交给左宗棠，叮嘱他要防备沙俄对新疆的不轨之心。
1850年4月14日，林则徐回到福州，见到福州因为鸦片战争而被辟为五口通商口岸后，满目疮痍，非常痛心。他给朋友苏鳌石写信说：“家乡江河日下，人人穷不聊生。”当即表示：“周处复生，为闾阎除此三害。”
鸦片战争失败后，英国人非常嚣张，在福州，英国人横行霸道，欺凌妇女，强占土地的事情常常发生，林则徐带领当地乡绅奋起反抗，“乌石山教案”等事件就是那个时候发生的。
同年下半年，清廷为进剿太平军作乱，再任命林则徐为钦差大臣，督理广西军务。可是林则徐病未康复，疝气不时发作，于是他躺在特制的卧轿，由福建、广东山区，一路直达广东。
到潮州时，开始严重下痢，到了普宁，已病入膏肓，不得不暂住普宁行馆。最后林则徐在儿子林聪彝及幕僚刘存仁陪同下，于1850年11月22日辰时，指天三呼“星斗南”之后，与世长辞，享年六十六岁。
“星斗南”是什么意思？一直有争议，流行比较广的说法是：星斗南其实是“新豆阑”，指广州一街道，那里有个英国医生能治疗疝气，但是林则徐作为朝廷命官，不敢公开找他医治，所以才被疝气病折磨成这个样子，他临死前大呼“星斗南”就是对朝廷不图自强、腐朽没落的极度愤慨！
林则徐一辈子都在为国家、民族呕心沥血，是我们中华民族的脊梁。
