《神农本草经》是我国医药史上一部伟大的经典，也是第一部药典。自古从医者必读的一部经典，因此，就有了“不懂药者不可为医”的传统。《神农本草经》，又称《本草经》或《本经》，托名“神农”所作，实成书于汉代，是中医四大经典著作之一，是现存最早的中药学著作，文字简练古朴，成为中药理论精髓。《神农本草经》记载了365种药物的疗效，多数真实可靠，至今仍是临床常用药；它提出了辨证用药的思想，所论药物适应病症能达170多种，对用药剂量、时间等都有具体规定，这也对中药学起到了奠基作用。
首先，《神农本草经》蕴含着丰富而深刻的药物理论，由此奠定了药物学的理论构架。此部分内容主要见于序录部分，相当于全书总论，虽然文字并不长，只有十三条，但已经涵盖了药物学的各个方面。如，以药物配伍为例，《神农本草经》中提出了君臣佐使的组方原则。如上品药为君药，中品药为臣药，而下品药为佐使药。在组方时，应该充分考虑药物的特性，方中既要有君药、臣药，还要有起协助作用的佐使之药。其比例可按照一君、二臣、三佐、五使或一君、三臣、九佐使的原则来处理。
其次，在药物配伍中，两味或两味以上的药物用在一个方剂中，相互之间会产生不同的反应：有的药物共同使用能发挥更大的功效，有的两药相遇一方会减小另一方的药性；有的药可以制约另一种药物的毒性；有的两种药品本身均无毒，但如果两药相遇则会产生很大的毒性，不能同用等。《神农本草经》中共总结了七种关系，包括单行、相须、相使、相畏、相恶、相反、相*等，认为对此“七情”要“合和视之”，这便是“七情和合”的配伍原则。
在365种药物中，植物药252种，动物药67种，矿物药46种。根据药物的性能和使用目的的不同分为上、中、下三品。称为“三品分类法”，以应“天地人”三才。上品120种，无毒。大多属于滋补强壮之品，如人参、甘草、地黄、大枣等，可以久服。中品120种，无毒或有毒，其中有的能补虚扶弱，如百合、当归、龙眼、鹿茸等；有的能祛邪抗病，如黄连、麻黄、白芷、黄芩等。下品125种，有毒者多，能祛邪破积，如大黄、乌头、甘遂、巴豆等，不可久服。这是我国药物学最早分类法，为历代沿用。当中药物经过长期临床实践和现代科学研究，证明所载药物药效绝大部分是正确的。
《本经》的问世，对中国药学的发展影响很大。历史上具有代表性的几部《本草》，如《本草经集注》《新修本草》《证类本草》《本草纲目》等，都渊源于《本经》而发展起来的。药物之间的相互关系也是药学一大关键，《本经》提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用。
书中对于药物性质的定位和对其功能主治的描述十分准确，其中规定的大部分药物学理论和配伍规则，到今天，也仍是中医药学的重要理论支柱。对于现代的中医临床，《本经》的论述仍旧具有十分稳固的权威性。
