随着太平天国进入衰势，与其酣战多年的湘军开始围猎收网。
同治皇帝载淳继位，由于杨岳斌的原名杨载福犯了新皇帝的名讳，于是改名“岳斌”。
同治二年（1863年），杨岳斌随曾国藩到天京前线察视，并与曾国荃一同制定合围天京之策。
随后，杨岳斌率军扫清长江各处关隘，完全控制了长江水面，为攻陷天京奠定了坚实基础。十月，湘军各部围困天京。
次年七月，湘军攻破天京。
轰轰烈烈、规模空前的太平天国农民起义，被以湘军为主力的清军镇压。从而也挽救了清廷的一场统治危机。
曾国藩居功至伟，杨岳斌等得力助手也得到清政府重用，继续被封官加爵。
杨岳斌正式进入清廷最高统治者的视线，被授为陕甘总督，并特许可在平定太平军残部后赴任。
行伍出身的杨岳斌，戎马浴血，成为清廷的“红人”，华丽转身，跻身于文职高官之列，享受殊荣。
以武职改授文职而且是封疆大吏，这在清朝立国以来极为罕见，也显示出清廷对杨岳斌的重视。
同治四年（1865年），杨岳斌走马上任陕甘总督。
陕甘总督是从一品衔的封疆大吏，总管陕西、甘肃、伊犁三省的军民政务，官署在兰州府。这是清朝九位最高级的封疆大臣之一。
当时，西北回民起义爆发，清廷出兵镇压。然而，清军将领雷正绾、曹克忠兵败金积堡，都兴阿、穆图善围攻宁夏而难有进取。
- 太平天国农民起义、捻军起义、西北回民起义接踵而起，而且在西北地区合流，锐不可挡；
- 社会纷乱，西北地区人心动荡，军政糜烂，农业、经济近乎荒废；
- 陕甘军事疲于应战，兵力疲弱，兵源缺乏，而外省援军未至；
- 粮道被战乱堵塞，府库空虚，粮草、军饷紧张。
身处黄沙漫天的西北边陲，面对如此乱局，杨岳斌心如乱麻，头痛不已。
他到任后屡次上疏朝廷，请求从外省调拨钱粮。但毕竟远水解不了近渴。
不久，清军将领陶茂林、雷正绾的部属因军饷问题，群怨沸腾，发生叛乱。
他们攻打总督衙门，围攻布政使林之望，并逼他向朝廷上疏弹劾杨岳斌。
兵乱时，杨岳斌正在外地视察军队，闻讯后即赶回兰州处理。虽然叛乱得以平息，但是他也落下了“军饷分配不公、治军不力”的名声。
