儿科耳鼻喉科医生调查，大部分会首先给予药物治疗。158例参与者最初治疗包括，鼻部冲洗占76％，鼻喷激素占59％，抗生素占92％。
鼻部冲洗是有效的，但40％的儿童实际上不能接受治疗。有证明使用鼻冲洗治疗鼻窦有效的证据，但治疗急性鼻窦炎仍存在争议，目前专家一致认为，生理盐水冲洗效果优于高浓度液。
一般以保守治疗为主，注意儿童保暖，增强机体抵抗力，抗生素的使用要合理、足量，以控制感染，疗程一般为7-12天，急性期可湿热敷、物理治疗、局部滴用血管收缩剂、鼻腔蒸汽吸入等，并注意休息，给与营养丰富、易消化的食物。
慢性鼻炎应使用20天阿莫西林克拉霉素、头孢泊肟酯、头孢呋辛酯、头孢地尼或克林霉素。如果存在内酰胺酶高度敏感，那么甲氧苄啶、阿奇霉素、克拉霉素或罗红霉素综合治疗很适用，综合治疗的药物包括大剂量阿莫西林或克林霉素，加上头孢呋辛或利福平。
利福平不能作为单药物，治疗超过10～14天，因为会很快产生抗药性，治疗反复无效的鼻窦炎，建议做微生物培养，根据药敏选择合适的药物治疗。也可以使用鼻喷激素，鼻喷激素有很好的抗炎、抗变态反应的作用，可以减轻粘膜水肿，如果孩子鼻堵很严重，家长可以给孩子使用3-5天的减血冲剂，使用时间不要超过一周，分泌物较多的时候，可以口服粘膜促排剂，可以有效帮助分泌物排出。
急性期给予湿热敷、物理治疗、局部滴用血管收缩剂、鼻腔蒸汽吸入等，该疾病不太适合预防性使用抗生素。鼻腔的减充血药物，如麻黄素类滴鼻液可短期使用，以减轻儿童的鼻塞，生理盐水液和一些药物，可以稀释儿童鼻腔内粘稠的分泌物，有助于病情的恢复。
有关于局部抗生素治疗，没有进行过系统性的研究，然而有少量研究已观察到莫匹罗星与冲洗联合应用，可有效地治疗持续性鼻窦炎，这种治疗方法，可能对接受过内镜鼻案手术的患者有帮助。
