以至于北海国越来越乱，与黄巾军的战事多以失败告终，最终一路溃逃，落了个众叛亲离的下场，一路逃到了山东。
曹操凭借自己强大的势力，掌握了朝廷的实权，并以皇帝的名义来号令各地的诸侯。在这一过程中，他发现了孔融的卓越才情，因此决定以汉天子征召孔融，以助其事业。
但是孔融，认为自己是汉献帝所提拔的，坚定地忠于汉天子，也看到了曹操奸诈的嘴脸，每每与曹操的政见针锋相对。
让曹操多次处于尴尬的境地，使得曹操对他逐渐厌烦，这也为他的悲剧埋下了伏笔。
晚年的孔融在一次与好友祢衡交流时说：“父之于子，当有何亲？论其本意，实答为情欲发耳！子之于母，亦复奚为？”，这样不论在那个时代都是大逆不道的话。
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被曹操抓住把柄之后，用这一句话大做文章，最终以不孝的罪名将孔融处死。
虽然孔融因为政治立场与曹操相悖，而被处死，但是他在文学方面留下显著的成就。
他的文风和诗歌创作，在当时独具一格，对后世的创作产生不小的影响。
孔融与汉晋文艺批评的构建 广东经济 2017年
他的文章不满足于对表面现象的讨论，而是深入挖掘和剖析了人性、社会等多个层面的复杂问题。
开创了古代书信的典范，《与曹公论盛孝章书》最为著名。
