虽然家境贫寒，但一家人从来不抱怨生活。当查理用牙膏盖堆出巧克力工厂时，家人却自责不能给查理更好的条件让他展现才能，正因如此和谐温暖的家庭氛围中，才造就了查理善良正直的性格，为他赢得了巧克力工厂。
而与查理一家形成鲜明对比的是威利·旺卡一家。旺卡的父亲是有名的牙科医生，他不允许童年的旺卡吃任何糖果，尤其是巧克力。为了让旺卡有一口健康的牙齿，还让他带上了牙齿矫正器。
因此，即便是万圣节的糖果，都被父亲倒进壁炉，化为灰烬，偶然的机会，旺卡发现了一颗逃过火灾的巧克力，他偷偷放进了嘴里，便爱上了这个味道。他从此开始研究巧克力，并记录下他们的口味差异。可父亲作为一名牙医，始终不允许他从事糖果行业。
威利·旺卡先生长期处于本我与超我的冲突中不能自拔,他的痛苦一方面来自对本我对糖果的热爱，一方面来自超我对保护牙齿不能吃糖的克制。旺卡因为幼时父亲粗暴野蛮地禁止他吃糖而受到心灵伤害，他未能缓解和父亲之间的水火不容。最终，旺卡便为了梦想选择离家出走。
长大后的旺卡，开办了糖果小屋，让以自己名字命名的巧克力销往世界各地，实现了自己本我的快乐。当查理成为最终的幸运儿胜出时，威利嫉妒查理能够拥有家庭的温暖，为此他提出条件，继承巧克力工厂的前提是要与家人分别，想要将把自己的孤独寂寞转嫁给查理。
在影片后半段，在查理的陪同下，旺卡回到了阔别已久的家中，发现家中全是关于旺卡的剪报，原来父亲一直用自己的方式默默关注着他，多年的牵挂弥补了旺卡在外流浪时亲情和温情的缺失，亲情得回归最终消除了一直横亘在两人之间的隔阂，使得旺卡完成了自我救赎。
影片的结尾说道：“最后，查理·巴格特得到了一家巧克力工厂，但是威利·旺卡得到了更好的礼物，那就是家人。有一件事可以非常确定，甜美的人生莫过于此。”最甜的不是糖，而是家人的陪伴。
影片一如既往得带有蒂姆·伯顿浓郁的个人色彩。整部影片采用了“寓幻于真的怪诞与现实的融合方式，从情节上来看，此片可分为两个主要场景：一个是查理居住的现实世界，一个是旺卡的巧克力工厂。
