公路水运监理工程师属于交通运输部管理的，报考的时候选择交通运输专业，考试的时候专业科目选择水运专业作答；水运一般指水上交通相关的工程，如港口、航道、船闸、船舶等。
水利监理工程师属于水利部管理，报考的时候选择水利工程专业。水利一般指农田水利、河道整治、河流的防洪兴利（水坝、电站、引水渠、航运）等。
监理工程师专业注册分类
监理工程师报名是分土木建筑工程专业、交通运输工程专业和水利工程专业。取得资格证书后，每人可根据报名专业选择对应专业注册，每人最多可以申请两个专业注册。
土木建筑工程专业由住房和城乡建设部负责；交通运输工程专业由交通运输部负责；水利工程专业由水利部负责。
