在说完车架与车身的分别后就当然到发动机方面，两者同样使用249cc直列4缸4冲程16气门水冷发动机，不过在动力上ZX25R较为优胜，在冲压进气下可达在15500转时产生51匹马力、在14500转时产生22.9Nm扭力。而作为第一代的250cc直四发动机的CBR250RR马力上就稍弱，不过由于是在JDM限制前推出，因此最大马力在15000转时产生45匹马力、而在12000转时产生24.5Nm扭力。两车的极限转数均为20000转，ZX25R的红转区在17000转开始，而CBR250RR则更后在18000转开始。单从数据上来看，CBR250RR的马力与扭力都比ZX25R早出现，而且扭力输出高1.6Nm因此加速会稍快，不过当ZX25R转数上来后就能发挥马力的优势，在高速时提供更多的爆发力，ZX25R的发动机源自90年代的设计，不过在时代的进步下发动机经过重新设计，在相同排气量下能够榨出额外6匹马力。
两车在刹车与避震方面两车有相当大的分别，ZX25R前刹车采用了大直径Φ310mm的半浮动式刹车碟，加上配备对向4活塞一体式辐射刹车卡钳，后轮刹车则是ø220mm的碟盘刹车加上单活塞刹车卡钳的组合。而CBR250RR前刹车使用Φ276mm的双浮动式刹车碟，加上配备两只单向双活塞卡钳的组合，而后刹车同样是ø220mm的碟盘刹车加上单活塞刹车卡钳的组合。
而ZX25R与前辈ZXR250一样也使用倒立式头FORK，不过用上更先进的SHOWA ø37mm SFF-BP避震，新设计能够提升前叉收缩时的控制程度，有助于在进入弯道时的稳定以提高操控感，而后避震器采用水平式多连杆悬吊系统。而CBR250RR则使用传统正立式 ø41mm头FORK，不过后避震同样也使用多连杆悬吊系统以提升操控感，作为一架30年前的旧车，可见当时本田也是车上下了不少工本。
