动力系统也与新款MT-09保持一致，雅马哈最新版本的CP3引擎，实际排量从原来的847cc增加到889cc，行程增加了3mm，并且几乎所有主要内部组件都经过重新设计和减轻。因此，最大马力也得到提升来到了119PS@10,000rpm，最大扭矩93N·m@7,000rpm。
前后减震均采用KYB减震，前倒置，后中置多连杆结构，并具备多级可调功能。
制动系统方面，前轮依旧采用一对雅马哈自家的双子星对向四活塞卡钳，搭配298mm半浮动刹车盘，上泵则是Brembo直推泵，后制动依旧是日信单活塞卡钳匹配245mm刹车盘。值得一提的是，新款XSR900，全新设计的轮毂，比老款轻了700g。
