京杭大运河
微山湖内航道是京航大运河的主要交通线，历史上即分为湖东、湖中、湖西三条
航线贯穿南北，被称为“黄金水道”。20世纪90年代末，京杭运河济宁至韩庄段续建工程完成后，确定了新的主航道。
明清时期的老运河航线，自济宁南门闸经顺河门至小闸口入湖，在湖中经南阳镇、五里闸、七里闸、赵庄、建闸、马闸、店子、石口、马口出湖，沿湖东再经张口、王口、常口、夏镇、郗山、朱姬闸等地至韩庄，全长119公里。该航线20世纪50年代末期，多数仍通航，部分区段废弃。
50年代的航线，即从济宁至小口门入南阳湖走湖中至四里弯进入老运河，经建闸、马闸、店子、桥头闸、石口、马口至王口入湖中卫河，经大捐、微山岛东侧至韩庄或朱姬闸出湖。
湖西航线，1958年3月动工修筑湖西大堤，结合开挖湖西航道，全长131公里，湖西航道底宽45米，边坡1:3，河底高程29.8米。1960年工程竣工。这时船舶可自济宁经石佛转向龙公河口，经洙水河口、洙赵新河、新万福河口、摆渡口、南田、刘香庄、杨官屯河口、微山船闸、沿河头至五段向东穿过微山湖，经韩庄进入伊家河，过台儿庄进入苏北运河。另一航线为，出微山船闸沿湖西航道南行，过蔺家坝船闸入不牢河航道。
京杭运河三级航道，1995～2000年，京杭运河济宁至台儿庄段续建工程，按三级航道标准，在南四湖中重新开挖自梁济运河，沿湖西经孙杨田、东北村之间向东折向南阳湖中部，过南阳镇东，经石口、满口至微山船闸，出闸进入东股引河至新建韩庄船闸进入韩庄运河，过台儿庄与苏北运河相接，长120公里。
2005年，微山湖有三级主航道130公里，五级航道80公里，支流航道（六－七级）700余公里，可通航里程达1100公里。已形成纵横交错的水运网络，运力总量180万吨，年均货运量700余万吨；货物周转量40亿吨公里，年通航能力达到2600万吨以上。
韩庄运河（泇运河）
京杭运河从微山湖湖口韩庄镇经台儿庄至江苏邳州的一段运河，经过多次疏浚整治，全年可通航1000吨船舶，设有韩庄船闸、万年闸船闸、台儿庄船闸三处船闸，已达到二级航道。
中运河
二级坝至大王庙段原来是走韩庄、台儿庄一线。1958年在江苏省境内新辟南四湖湖西航道及不牢河河段，使河道经徐州市北郊通过，至大王庙与中运河汇合。大王庙至淮阴段仍循原来河道南下，长163公里。徐州以下河段，经近年分段拓宽，航道一般底宽45～60米，水深3米以上，已可通航500～700吨级以上拖带船队。是为徐州煤炭南运主要线路。
里运河
全长169公里，其入江口原在瓜洲，1958年改至六圩入江。近年屡经整治，航道底宽一般达70米，水深3米以上，可通航1000吨级拖带船队。年运货量1500万吨左右。
江南运河
自长江南岸谏壁口经丹阳、常州、无锡、苏州、平望至杭州。其中，平望至杭州有3条航线，即东、中、西线，如以东线计算，全长323.8公里，大部分底宽20米，水深2米，一般可通航40～100吨级船舶，年货运量达1600余万吨。
郗山运河
郗山运河是从济宁至湖东韩庄的一段运河中的一段临村穿过的运河程，北从黄埔庄，南至微湖码头，全长9公里。沿途有郗公墓、古木兰寺、郗山殷林、郗山减水闸、郗山汉墓群、陈毅刘少奇过微山湖渡口等。
折叠
运河最南端
京杭大运河最南端位于杭州拱宸桥（即北三里桥），并在桥边立碑，该桥是一座三孔的拱桥，初建于明崇祯四年（1631年），至今已有三百多年的历史。现存桥为清康熙时重建，全长138米，宽6.6米。石砌桥墩逐层收分，桥面两侧作石质霸王靠，气势雄伟，下面各有两个防撞墩，防止运输船只撞到桥墩。该桥位于杭州市的上塘路附近，它坐落在杭州市拱墅区桥弄街，横跨于古运河之上，是杭州古运河终点的标志。
近代整修
大运河
中华人民共和国成立后，对运河进行了大规模整修，使其重新发挥航运、灌溉、防洪和排涝的多种作用。1988年底建成的京杭运河和钱塘江沟通工程已将江、河、海衔接起来，构成了以杭州为中心的、以京杭运河与长江、黄河、淮河、海河、钱塘江五大水系相连通的水运网。
反复论证了近20年的京杭运河二通道工程，终于开工了。12月18日，京杭运河二通道八堡船闸引航道工程奠基，意味着“二通道”从纸上蓝图进入工程建设阶段。
交通部门称，“这条全长39公里、总投资估算为77.5亿元的二通道，是解决现有京杭大运河（杭州段）堵航、环保以及运输功能降低的‘*手锏’。”
从1989年提出京杭运河“二通道”方案到18日正式开工，该工程反复论证了近20年。杭州交通港航部门在这漫长的时间里，进行了“二通道”线位综合分析论证、方案预审、线位初定，以及与相关县市的协调、上报项目建议书、组织工可研究等大量工作。仅“二通道”的线位问题，就先后有过东、中、西三套方案。
东线：起自杭申线的余杭区博陆，穿320国道、沪杭铁路、沪杭高速公路、01省道、杭浦高速公路，穿绕城高速公路、德胜路、下沙路，在八堡附近入钱塘江。
中线：经杭州主城区从三堡入钱塘江的现有通道。起自北星桥，经拱宸桥，越武林门中山北路桥、艮山铁路桥，从三堡船闸出钱塘江。
西线：起自北星桥，西穿勾运路、104国道，经三墩穿绕城公路、天目山路，经屏峰在花牌楼与绕城公路置换，出龙坞、望江山至新浦沿出富春江。
天价“架高”沪杭铁路
最终，工程按照东线方案施工。“虽然要下穿沪杭铁路、穿过3条高速公路和钱塘江出口等不利因素，但从贯通的可能性来讲，最具优势。”而西线从航运的角度来看是最理想的，但建设成本巨大，破坏西线附近的景区旅游资源，不利于环境保护，与城市规划有一定冲突；改造现有航道的中线方案会极大地破坏已有的城市规划，难以解决文物保护等难题，也不是一个好的方案。
杭州市港航管理局负责人表示：“选择东线方案，仅仅为了航道下穿铁路，就要为架高沪杭铁路买一笔‘巨单’。可以说，为了保护城市规划和环境，我们做了最不经济但也是最经济的选择。”
运河通道变“瓶颈”
1999年，京杭运河浙江段进行了四级航道改造，但随着腹地内经济快速发展，社会货运量成倍增长，航道的升级步伐大大落后于船舶的升级步伐。
据预测，2015年、2025年京杭运河浙江段货运量将分别达到10770万吨和15640万吨。作为京杭运河沟通钱塘江的重要组成部分，杭州市区段的航道只有五级航道标准，25座桥梁均未达到五级航道的通航要求，严重制约了京杭运河作用的发挥和未来航运的发展。
千吨级船舶从山东直达杭州
运河二通道建成后，京杭运河航道等级将达到三级，届时1000吨级的船舶可从山东东平湖直达浙江杭州，运力提升40%。
行家分析，以开发区的电煤运输为例，电厂每年需要大量的发电用煤，如果全靠铁路运输，电煤从淮南煤矿到电厂每吨将多花10至20元的运费，如果全部走水路，10万吨煤就能省下100万至200万元的成本。
随着二通道开通，市区航道将可用于旅游等，现有京杭大运河（杭州段）堵航、噪音环保等问题有望得到解决。
