这座长桥之下海水很浅，只有两个通行航道。大桥建成之后，这段海峡的大型船舶航行功能也就基本失去了，将整个澎湖主岛的岛链，形成了一个开口的“C”形状态。
澎湖地区的涨潮和落潮，海水潮差很大，潮差高达2至3米。这种高潮差的存在，让澎湖地区很难建设停靠大型船舶的码头，所以澎湖港湾里多停靠的是小型船只，就算是小船停泊，也需要多条绑绳来固定。而大型船只，一般只有在涨潮阶段会码头靠泊和补给，落潮需要退回深水。
澎湖的深水航道和深水码头较少，岛屿周边礁石林立，海水很浅，活珊瑚的造礁速度很快，洋流情况复杂。不过澎湖海岸水浅的这种特点，造就了这里周边丰富且惊艳的海底珊瑚体系，离开岸边十多米，就可以见到水下艳丽的活珊瑚群，还有丰富的海洋生物体系。澎湖渔业的开发度不高，渔业富集程度很高，这里也是距离大陆最近的大型活珊瑚群落了。
经过跨海大桥，就可以来到西屿岛，当地的小门渔港和鲸鱼洞景点较为出名，全澎湖的所有景区都是免费的，岛上不存在收费景点，只是公共交通并不是太便捷，游客可以租借自行车旅行。
