对此李光耀决定举行全民公投，最后71%的人投了赞成票。1963年9月新加坡在脱离了英国的统治之后正式加入马来西亚。然而这场结合从一开始就潜伏下了分家的种子：新独立的马来亚联合邦是个多元种族社会——马来人和非马来人（主要为华人和印度人）几乎各占一半。新加坡人口中74.2%是华人，新加坡加入马来西亚后直接改变了马来西亚的种族结构。
本来新、马两地之间的种族冲突就比较尖锐，而两地之间的党派矛盾进一步刺激了双方的对立：马来西亚的独立是在东姑阿都拉曼领导的巫统奋斗下实现的，于是巫统成为了独立后的马来西亚的执政党；而新加坡的执政党则是李光耀领导的人民行动党。1963年由巫统、马华和国大党组成的联盟党在中央政府的支持下参加了新加坡州选举。然而联盟党不仅未添一席，连原有的三个选区也被人民行动党夺取。
一时间在马来西亚国内“马来人至上”和反种族主义两种呼声针锋相对。最终以巫统为首的执政联盟在国会紧急通过修改宪法并以126票赞成、0票反对将新加坡驱逐出马来西亚。新加坡就这么被动从马来西亚独立出来。事实上新加坡并非对此心甘情愿——李光耀在其回忆录里不无伤感地提到：在新马正式宣布分离那天他感到马来人如休妻般地抛弃了新加坡。
新加坡的独立并不是自主选择，而是被马来西亚排挤的结果。独立之初的新加坡是一个潮湿、混乱的小岛，黑社会势力猖獗、妓娼遍地、毒品泛滥，卫生条件极差，教育水平落后，没有统一的文化和语言……当时的新加坡面临着为害甚巨的社会公害：自新加坡开埠以来涌入这里的移民成立了各种各样的秘密结社组织，由于当时法律制度的缺失，普通百姓出于生计往往选择依附于这些帮会组织。
