主要为害豆荚、叶、茎。
荚：染病初病斑暗褐色，后变苍白色，凹陷，上轮生小黑点，幼荚常脱落，老荚染病萎垂不落，病荚大部分不结实，发病轻的虽能结荚，但粒小、易干缩，味苦。茎、叶柄染病产生灰褐色不规则形病斑，上生无数小黑粒点，致病部以上干枯。
病原：豆荚大茎点菌(Macrophoma mame Hara)，属半知菌亚门真菌。分生孢子器散生或聚生，埋生在病部表皮下，露有孔口，分生孢子器黑褐色，球形至扁球形，器壁膜质，大小104~168μm。分生孢子长椭圆形至长卵形，单胞无色，两端钝圆，大小17~23×6~8(μm)。病菌以分生孢子器在病残体上或以菌丝在病种子上越冬，成为翌年初侵染源。结荚期多雨，容易发病。
4）茎枯病
症状：主要为害茎部，初发生于茎下部，后渐蔓延到茎上部。发病初期，茎部产生长椭圆形病斑，灰褐色，后逐渐扩大成黑色长条斑。落叶后收获前植株茎上症状为明显，形成一块块长椭圆形病斑。
发病条件：病原为大豆茎点霉，属半知菌亚门真菌。分生孢子器球形，分生孢子球形或椭圆形。
侵染循环：病菌以分生孢子器在病茎上越冬，成为翌年初侵染菌源，借风雨进行传播蔓延。
发生规律：连作地，高温高湿发病重。
病原：称大豆茎点霉，属半知菌亚门真菌。分生孢子器球形或近球形，散生或聚生在表皮下，器壁褐色，膜质，孔口周围的细胞暗褐色，直径105～280μm；分生孢子球形或椭圆形，单胞无色，两端钝圆，内含2个油球，大小2～4×2～3(μm)。
防治方法：
①农业防治：收获后及时病株残体，秋翻土地将病株残体深埋土里，减少翌年初始菌源。
②化学防治：发病初期喷洒50%多菌灵500倍液或70%百菌清500倍液。
5）黑点病
症状：主要为害茎、荚和叶柄。茎部染病，生褐色或灰白色病斑，后期病部生纵行排列的小黑点。豆荚染病，初生近圆形褐色斑，后变灰白色干枯而死，其上也生小黑点，剥开病荚，里层生白色菌丝，豆粒表面密生灰白色菌丝，豆粒呈苍白色萎缩，失去发芽能力。
病原，拉丁文名称及分类地位 : 无性态Phomopsis sojae Lehman属半知菌亚门真菌，大豆拟茎点霉，有性态 Diaporthe phaseolorum var. sojae (Lehman) Wehm.属子囊菌亚门真菌，菜豆间座壳大豆变种。
侵染循环：病菌以休眠丝体在大豆或其他寄主残体内越冬，翌年在越冬残体或当年脱落的叶柄上产生分生孢子器，初夏在越冬的茎上产生子囊壳。病菌侵入寄主后，只在侵染点处直径2cm范围内生长，待寄主衰老时才逐渐扩展。α型分生孢子、子囊孢子都可侵染。多数染病的种子是在黄荚期受侵染引起的。
发病条件：病菌的发育适温为28℃左右，在pH2.2-8.6均可发育，最适pH4.1-6.1。结荚至成熟期气温高于20℃持续时间长利其传播，雨水传播，病菌豆荚侵染后造成种子带病，可降低种子萌发，重时引起种子腐烂。成熟期湿度大延迟收获也使病情加重。多雨年份发病重。大豆生产地如果后期多雨，有利病害发生。免耕和连茬种植方法增加带菌越冬残体，会提高病害发生的风险。
防治方法：
①与禾本科作物轮作。
②收获后及时耕翻。
③适时播种，及时收割。
④种子处理。
8）细菌性斑点病
症状：为害幼苗、叶片、叶柄、茎及豆荚。幼苗染病子叶生半圆形或近圆形褐色斑。叶片染病初生褪绿不规则形小斑点，水渍状，扩大后呈多角形或不规则形，大小约3~4mm，病斑中间深褐色至黑褐色，外围具一圈窄的褪绿晕环，病斑融合后成枯死斑块。茎部染病初呈暗褐色水渍状长条形，扩展后为不规则状，稍凹陷。荚和豆粒染病生暗褐色条斑。
病原：丁香假单胞菌大豆致病变种(大豆细菌疫病假单胞菌)，属细菌。菌体杆状，大小0.6~0.9μm，有荚膜，无芽孢，极生1~3根鞭毛，革兰氏染色阴性。在肉汁胨琼脂培养基上，菌落圆形白色，有光泽，稍隆起，表面光滑边缘整齐。
侵染循环：病菌在种子上或未腐熟的病残体上越冬。翌年播种带菌种子，出苗后即发病，成为该病扩展中心，病菌借风雨传播蔓延。多雨及暴风雨后，叶面伤口多，利于该病发生。连作地发病重。
防治方法：
①与禾本科作物进行3年以上轮作。
②选用抗病品种 。
③施用酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥。
④播种前用包衣拌种。
⑤)发病初期喷洒抗生素类细菌*菌剂。
上是芋头的细菌性斑点病。有点状斑，并有穿孔。
9）灰星病
病原类别 : 真菌。病原，拉丁文名称及分类地位 : 有性阶段 Pleosphaerulina sojaecola (Massal.) Miura 子囊菌亚门。无性阶段 Phyllosticta sojaecola Massal 半知道菌亚门，球壳孢目。
形态特征：分生孢子器表生于叶正面，球形或近球形，器壁薄，褐色，有孔口，直径64-128μm。器孢子单孢，椭圆形或卵圆形，直或弯曲，无色透明，二端钝圆或一端稍尖，5-10×2-3μm。有性阶段的子囊壳与分生孢子器混生于病斑里，球形或近球形，直径77-112μm，暗褐色，具孔口;子囊椭圆形，无色，56-70×28-35μm，子囊里含有8个子囊孢子;子囊孢子排列不整齐，无色或淡绿色黄色，椭圆形或圆筒形，有2-4个横隔，0-2个纵隔，呈砖格状，隔膜处略细缩，24.5-31.5×7-14μm。
危害对象 : 本菌只侵染大豆。分布 : 在全国大豆产区均有发生，东北发生普通而重。
侵染循环 : 病菌以分生孢子器在病株残体上越冬，成为翌年的初侵染源。来年环境适合，病斑上产生分生孢子，借风、雨传播进行多次再侵染。发病条件 : 在寄主感病、菌源多和气候、栽培条件充分有利于发病时，易造成病害的流行。在冷凉、湿润的气候条件下，发病重，可引起早期落叶。危害部位 : 主要侵染叶片，也可侵染叶柄、茎和荚。
危害症状：叶片上病斑圆形、卵圆形或不规则形，直径2-5mm，初为淡褐色，有极细的暗褐色边缘，后期病斑呈灰白色，故称灰星病。病斑上有明显的小黑点，即病菌的分生孢子器。豆荚上病斑圆形，有淡红色边缘。叶柄和茎上病斑长形，淡灰色或黄褐色，有淡紫色或褐色边缘。
防治方法：
①因地制宜选用抗病品种。
②精选无病种子和种消毒。
③秋收后及时清除田间的病株残体，消灭菌源。实行三年轮作。
13）菌核病
