二期石窟雕凿于文成帝死后至孝文帝迁都洛阳前。这一时期的石窟呈方形，除了11、12、13窟为一组外，其余均为前后排列的双窟形式，这可能与当时尊奉孝文帝、太皇太后为“二圣”有关。1、2窟两窟为双窟，位于云冈石窟东端。一窟中央雕出两层方形塔柱，后壁立像为弥勒，四壁佛像大多风化剥蚀，南壁窟门两侧雕有维摩、文殊，东壁后下部的佛本生故事浮雕保存较完整。二窟中央为一方形三层塔柱，每层四面刻出三间楼阁式佛龛，窟内壁面还雕出五层小塔，是研究北魏建筑的形象资料。二期石窟加上了中国建筑形式的雕刻，可分为与第一期形制相仿的佛殿窟，以及中部立有塔柱的塔庙窟。塔庙窟源自于龟兹和凉州，之后又影响到敦煌的北魏窟。窟中造像不再像第一期那样雄伟，且已不占窟内主要位置，但形象、题材趋于多样化，面相丰瘦适宜，表情温和恬静，着褒衣博带式汉装，飞天穿短衫，有的不露足。四壁都出现了供养人的行列。供养人早期多为鲜卑人夹领小袖的装束，后期则穿着汉民族服装。第二期石窟中的9、10窟为一组双窟，分前后室，约开凿于孝文帝太和八年到十三年。两窟前室外立壁各凿列柱四根，形成两座正面三开间的窟室。中部两列柱由象身承驮柱础，上雕狮子、平座、束莲等，再上层雕八角柱，列十层佛龛。柱头刻覆蓬、皿板和坐斗等。东西两侧列柱，下为须弥山，上为八角柱。12窟的窟门为圆拱形，门眉内雕坐佛，上下檐雕着飞天。东西两侧的帷幕龛内各雕一佛二菩萨，龛楣方格内雕飞天。最上层东侧圆龛内雕坐佛，佛前中央有法轮，两侧各跪一鹿，还有一列乐伎飞天，具有强烈的装饰效果。
5.三期石窟
三期石窟大多为满布崖画的中、小型窟龛，造像趋于清瘦，着汉装，衣服下部的褶纹重叠繁复，龛楣、帐饰也较为复杂。飞天亦着短衫，大裙曳地，不露足，腰部弯曲较大，宛然有飘逸之风。
三期石窟可以分为四种不同的类型：塔庙窟、千佛龛、三壁三龛式洞窟和四壁重龛式洞窟。塔庙窟就是正面雕塔或方柱的窟龛。千佛龛指前壁雕有千佛立柱或四壁皆千佛造型的窟龛。三壁三龛式洞窟则是窟室方形、平顶，左、右、后三壁分别开凿三龛，后壁主像多为释迦多宝或释迦像。四壁重龛式洞窟在上、左、右、后分别开凿四龛，后壁主像多为上龛弥勒，下龛释迦。
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