但问题是监、阁共理的政治模式，客观上使明朝皇帝可以偷懒，而这也是明朝中后期皇帝多怠政的原因所在。而皇帝一偷懒，自然害怕文官们抱团架空他，所以就故意给了太监很大的权力，将太监推到前台，使太监与文官斗个你死我活。
加上太监本就是身体残缺之人，遇上好的的太监，诸如冯保和黄锦之流还没什么的。遇上刘瑾和魏忠贤之流，做事没有底线，疯狂的打击文官集团，所以自然会形成表面上太监乱政的局面，其实刻意营造这一切的幕后黑手在于皇帝，而正因为这个原因，太监也很容易被收拾，没有兵权不说，平常又跟文官集团斗个你死我活的，只要皇帝想要收拾太监了，放个话，那些对太监恨之入骨的大臣比谁都积极，擅权的太监自然马上就被收拾了。
而且这里还有一个客观原因，明朝太监虽然多是乱政之辈，但不乏善良之辈，诸如嘉靖时期的太监黄锦，就曾救过海瑞一命。再反观文官集团，也不可能都是善良之辈，也有祸国殃民的奸臣，但为什么明朝太监在大部分人印象中都是无恶不作呢，就是因为太监处于文官集团对立面，而笔杆子在于文官集团手中，所以明朝的太监多少有些被妖魔化了。
所以客观来说，明朝的监、阁共理国政的模式并没有错，但问题就出在明朝皇帝身上，为了保证一直大权在握，刻意让太监与文官集团斗个你死我活，所以才造成太监乱政的现象。
我们再回归到顺治帝为什么要设立十三衙门这个问题本身，顺治帝为什么要设立十三衙门呢，就是因为发现了明朝监、阁共理的政治模式优越之处，所以借鉴了这一政治模式，打算以太监来对抗八旗大臣，来回收权力，使皇权集中。
那么顺治帝为什么要以这种方式来使皇权集中呢？
因为清朝开国初期的局势非常不稳定，君权很不集中。像清太祖努尔哈赤建立后金，并非是大家印象中的中央集权国家，而是提倡“八家分权”的政治模式，甚至临终之际都没有立下继承人，只是留下了包括皇太极在内的四大贝勒当国的政治格局。
到了皇太极时期，虽然进行了一系列的中央集权，但努尔哈赤的“八家分权”政治理念不是一时半会就可以消除的，所以皇太极顺势设立了议政王大臣会议，通过此会议决定一切军国大事，不过皇太极扩大了议政王大臣会议的规模，使八旗诸王的权力被稀释。
但议政王大臣会议权力依旧很大，像皇太极猝死以后，顺治帝福临就是通过这个会议推选出来的。到了入关时期，清朝的开国诸王以摄政王多尔衮为代表，更是权势滔天，一度威胁到皇权，可以说是清朝版的藩王之乱。
不过多尔衮也进行了一系列集权，打压了诸王权力。到了顺治七年多尔衮猝死，顺治八年顺治帝亲政以后，开国诸王的权力大为缩水，诸如议政王大臣会议再也没有之前可以决定皇帝人选的权力了。
但是一波未平一波又起，虽然诸王权力缩水，但八旗的大臣势力开始抬头，这些开国功臣背后的实力不容小觑，所以亲政以后的顺治帝并没有达到乾纲独断的地步。
因此顺治帝这位明太祖朱元璋的粉丝，在“清承明制”的思维下，借鉴了明朝监、阁共理国政模式的优越一面，仿明朝二十四衙门，设立了十三衙门，打算以这种方式来打压回收八旗大臣的权力，以使君权高度集中。
不过随着顺治帝在顺治十八年的英年早逝，四大辅政大臣当政以后，成立九年还没有发挥作用的十三衙门马上被撤销，使顺治帝以太监来集中君权的尝试不了了之。但也可以从中看出明朝制度对于清朝的深刻影响，而且顺治帝也是聪明之辈，可以看出其宦官制度的优越一面，并且是现学现用，由此可见清朝能享国近三百年，其历代皇帝的统治艺术还是很高明的。
正所谓以史为鉴，通过顺治帝借鉴明朝监、阁共理国政模式的宦官制度，建立十三衙门来看，说明明朝的宦官制度还是有可取之处的，并非是一无是处的，更是说明了任何制度都是具有两面性的，不能一味的贬低或者褒奖，客观看待这个制度的好与坏，才是正确读史的打开方式。
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