黄药师年轻时就是桃花岛岛主，他的武学被称为桃花岛派武学，王重阳逝世后，黄药师与新婚妻子冯蘅偶遇携带《九阴真经》的周伯通，冯蘅骗周伯通毁掉《九阴真经》下卷正本，然后凭借过目不忘的本领默写出来，这样黄药师就成为唯一一个拥有九阴真经下卷的人。
他自负能通过下卷领悟出上卷内容，于是立誓不练成《九阴真经》不离开桃花岛一步，哪知桃花岛弟子陈玄风和梅超风偷走了《九阴真经》下卷，黄药师一怒之下挑断其余弟子脚筋，将他们全部逐出桃花岛，冯蘅为了安慰丈夫，试图重新默写出《九阴真经》，因为年岁已久又在孕中，殚精竭虑，最终在生下黄蓉后难产而死，黄药师将爱妻的墓修建在一片白色花丛之中。并在墓室中放入收藏的各种奇珍异宝。
周伯通发现被骗后，上桃花岛讨要经书，与黄药师展开激烈交战，周伯通不敌黄药师，自此困在桃花岛上15年，黄蓉长大后偷偷给周伯通送酒被父亲责骂，赌气离岛，黄药师这次打破誓言出岛寻找黄蓉。
后来黄蓉带郭靖回到桃花岛，郭靖与欧阳克提亲比试，欧阳锋在冯蘅墓穴中*死江南五怪，这两件大事都发生在桃花岛，郭靖、黄蓉成婚后携手回到桃花岛归隐，黄药师因不喜热闹飘然离岛而去。
