馆内主要建筑有东西牌坊、棂星门、泮池、登云桥、东西官厅、戟门、乡贤祠、名宦祠、忠义孝悌祠、大成殿、东西庑殿、尊经阁、崇圣祠等明清建筑群，气势恢宏，规模壮观，徜徉其间，令人流连忘返。
【牌坊】崇明学宫正门前左右两侧有两个高大古朴的牌坊。东边的牌坊上一面镌刻着“道冠古今”，一面镌刻着“学海”，意思是学术的海洋。西边的牌坊上一面镌刻着“德配天地”，一面镌刻着“朝宗”，意思是朝拜宗师。两个牌坊飞檐翘角，装饰精美，气势不凡，两者间距为33米，建于 清康 熙二十三年（1684年）。坊额“道冠古今”，意思是孔子学说与儒家思想是古今最高的；“德配天地”的意思是说道德相等于天地。
【棂星门】据《龙鱼河图》记载：“上天有天镇星，其精下为灵星之神”，引申开来的意思是，古时士人进入此门后如鱼化龙，象征封建统治者有得士之庆。棂星又名天田星，古时，天子祭天，先祭棂星。学宫以棂星门作为正门，意思指尊孔如同尊天，显示了孔子在人们心中至高无上的地位。
