玄奘困惑于各派学说与原典的出入，感觉无所适从。后来他就发愿，要去西方求取真经，以解释大家和他自己心中的疑惑。他还想到以前法显、智严等大德，都是一时的俊彦，他们都能为法西去，以导利众生，现在，岂能让前辈们高尚的做法，无人继续？清高的风范，从此断绝？身为顶天立地之人，就应当追随前人寻找真理的脚步，不应有什么顾虑。
于是他就联合了几个道友侣，准备启程西行。走之前他们上表向皇帝请求批准他们去印度留学，但当时的朝廷下诏，不批准他们前行（西游记中是皇帝派玄奘西天取经，而实际的历史中，是玄奘想去印度留学，但皇帝不准）。
其他几个本说同行的道友，都因皇帝不准而生了退心，只有玄奘一人，一点没有退却的念头，他决定自己一个人偷渡西行。虽然他知道那样偷渡，一定会艰险无比，但他那颗渴求真理的心，与满腔的宗教热忱，使他信念坚定，义无反顾。（西游记中三藏西行是唐王发了通关的文书，送法师出城，并和三藏结为兄弟，三藏是以唐王御弟的身份合法西行的。实际史实是三藏偷度西行，他实际的出行，要比西游记的出行要难很多，一路要躲避正常的关卡，走更难走的小路绕道而行）
玄奘在出发前曾入佛寺许请，先申明心意，此行不为名，不求利，只为法为道，他愿众圣冥护，使他顺利达成任务。
玄奘出生前，他的母亲就曾见到他身穿白衣西去求法，可见法师西行早有先兆。
唐太宗贞观三年秋八月，大师将出发，他在佛前默求祥瑞。那天晚上，他梦见远处有一座四宝组成的大山，极其庄严绚丽，他正想攀登而上，却忽然见波涛汹涌的大海梗阻在面前。虽然没有船筏渡河，他的心却一点都不惧怕，他奋不顾身的跳入水中。这时，突然有石莲花出现在波涛上，随着他的脚步，每走一步就生出一朵石莲，真是“步步生莲”，那些莲花，又随着他踏过的足迹而幻灭。不一会儿，他就到了山下。那座山陡峭的无法攀登，他便试着纵身往上跳，突然就起了一阵狂风，把他吹着扶摇而上，一直升到山顶。他四下观看，四周辽阔空旷，因为太过喜悦而醒了过来。回想一下刚刚的梦境，就得了启示：凡事只要有毅力与决心，就一定能够成功。于是他西行的意志就更加坚定了。他不再迟疑，那一年他二十六岁。
这时，正好有秦州（属甘肃）僧人孝达在京师学《涅槃经》，他学完返回时，玄奘就和他同行，到秦州住了一晚，又遇见兰州的同伴，就又结伴走到兰州。过了一夜后，又遇到人往凉州送官马，他就又随着走到了凉州。
国境内的路程走的很顺利，在凉州玄奘停留了月余，因为他很出名，大家都留住他，请他开讲《涅槃经》，《摄大乘论》和《般若经》。凉州是河西都会，连接西域各国，商品往来，络绎不绝。因此，玄奘的法会开的盛况空前，众人听讲后，都施珍宝，叩首赞叹，那些商旅归回自己的国家后，就向他们的君主大力宣扬玄奘法师的才德，并说他即将西来，当时西域各国听到这个消息，无不心生欢喜，都恭候着他的驾临。
当时唐朝新开国不外，战争才刚刚停止，所以对边关把守的很严，不许百姓出境。当时凉州都督李大亮奉命把关，听说玄奘要离境西去，就逼着让他返回京师。玄奘正无计可施时，正好有位慧威法师，是河西的佛教领袖，他很钦佩玄奘的学问，又很同情玄奘西行的壮志和决心，于是他就暗派两个弟子，一个叫慧琳，一个叫道整的，秘密的送玄奘大师偷渡出了关。他们昼伏夜行，到达瓜州（甘肃敦煌）。瓜州刺史独孤达听说玄奘来到，非常高兴，就非常丰厚的供养他。法师询问了西行的路程，得知从这里北行五十余里到瓜芦河，河的上面宽广，但下面狭窄，所以洄波很急，还深不可渡。河上面设有玉门关，是西行的必经之路，也是西境的咽喉要道。出关西北又有五座烽火台，各相距百里，中间没有水也没有粮草供给，五烽之外，就是莫贺延——伊吾国境。
大师听了这种情况，心里非常担忧，那时，他骑的马已经死了，没办法的情况下，他在瓜州就耽搁了一个月，而凉州的访牒（官方文书）正好这时又到达，书中说明要缉拿一位出家人玄奘。幸好 剌使李昌是虔诚信佛法的人，他得到文书后首先就怀疑眼前的出家人就是玄奘，他出示了牒文，问法师是不是玄奘。玄奘正在迟疑要不要吐露实情，李昌告诉大师，一定要实情相告，然后他才能替他想办法。玄奘于是就说出了实情，李昌听后，就当面把那份文书给撕毁了，并且劝玄奘尽量离开这里。
这时令玄奘为难的是，随从的两个僧人，年龄小的道整已经先回敦煌了，只有体弱多病的慧琳还在身边，但也已经不起长途跋涉，就也让他回去了。苦于没有引路的向导，玄奘于是就在弥陀像前虔诚的祈求，希望能得一个向导带领着出关。
这天夜里，有一个胡僧达磨，梦见玄奘坐一莲花向西去，心中暗感奇怪，第二天一早就报告玄奘，法师听了心中暗自高兴，认为胡僧那个梦是个成行的佳兆。正好有一个胡人来玄奘处请受五戒，他带来的许多饼果，以供养法师。法师见他恭敬又体格健壮，就告诉了他西行的意思，那个胡人就很慷慨的答应送他过五峰。
玄奘大喜，约定次日黄昏在城外草丛中见面。第二天黄昏，那个胡人果然来了，并带了个胡人的老翁和一匹既老又瘦的马。胡人说：“这老翁很熟悉西行的路，曾先后往来伊吾三十余次。有关西去的疑难问题，问他就行。”胡人老翁不等着问，就开口说：“西行的路，险恶无比，沙河的阻挡还不说，最难熬的是鬼魅般的热风，遇到了没有能幸免的，就算是人数众多，都还经常迷路，像大师这样一个人独行，成功的希望非常渺茫！”
玄奘毅然表示，只要为求大法，纵然死在中途，也在所不惜。胡翁见他意志坚决，就说：“法师一定要去，就换乘这匹马吧。别看它又老又瘦，但它是只识途的老马，而且还稳健有力。”
玄奘想起在长安出发时，曾有一位预言家为他占卜，说他将乘一赤老瘦马西行而去，如今果然是吻合了。
于是，玄奘和胡人，老马踏上了征程。行了不到两天，胡人害怕前途遥远，又没有水草，常常会有饥渴的隐患，加上如果偷渡不成功，一经发现了，就很少有能活下命来的，因而他就产生了异心。玄奘也不勉强他，就让他回去了。从此就剩下了玄奘一人一老马，孤独的前行。
放眼前路，只见大漠如海，沿途只能靠一堆堆的白骨和马粪领路。这样走着，忽然见前面有个数百人组成的军队，都披着皮裘，跨着驼马，擎着旌旗，满身都是沙渍，他们一会行一会停，转瞬间就有千种变化，从远处看还觉得清晰，越近却反而越变得模糊。最初，玄奘还以为是沙漠里的贼人，因为越靠近越模糊，他才知道那全是妖魔鬼怪的幻化。但是，每一次遇到危险的情况，他都会听到空中有声音喊：“别害怕！别害怕！”因此，他的心就慢慢的安定下来。
这样走了八十多里，终于望见了第一座烽火台。烽火台西有水可以补给。为了不被发现，玄奘就躲起来，耐心等到晚上才敢行动。当他饮水洗手后，正要取出皮囊装水时，忽然一只箭飒的一下射到他跟前。他知道被人发现了，只得从隐藏处走出来，听候守军的发落。
玄奘将面临怎样的处罚？能否顺利西行？请看《高僧传》（18-3）
