在关于“龙的原型究竟是什么”这一点上，之所以争论不休，最根本的原因或许在于：人们总是希望找到一个确定无疑的原型生物，但文献记载中的“龙”却歧异丛出，似乎多种生物都是，又都不是，于是莫衷一是。我们之所以难以确切找到“龙”，很可能是因为在数千年的时空阻隔之下，我们未能充分理解古人对“龙”的信念。
首先要注意的是，“龙”所指的不是“一种动物”，而是“一类动物”，具备某些特征者均可称为“龙”，一如“虫”是“鳞介总名”（《说文解字》），《尔雅·释虫》称“有足谓之虫，无足谓之豸”，故鸟兽鱼虫甚至人类皆可称为“虫”，老虎便被称作“大虫”，而老鼠在上海方言中也叫“老虫”。不仅如此，这种“类别”不是现代生物学分类意义上的“类”，而是一些共有的外观或内在特质。最显著的例子如“鲸”从鱼旁，显然古人因其外形而将之视为鱼类。
但更重要的也许是其内在特质。余英时曾提醒：“我们都习知中古之人咸重灵界而轻物界。凡我们现在视为虚灵玄秘之事在中古皆是‘真实’，而今日被视为‘真实’的事物如身体与物质世界，在那时却被看做‘表象’。”中古如此，上古恐怕犹有甚之。换言之，当时的人们可能从神话思维的标准出发，将我们现在看来完全不相*事物归为同类，理由是它们都内在地具有某些共同特质，而根据巫术的相似律，相似的东西就被视为同一种东西。
在此要注意的是，在中国文化的原初思维中，着重的不是确定的物质本身。英国汉学家葛瑞汉在论述先秦哲学思想的《论道者》一书中发现，“五行”这一术语虽然普遍被译成“Five Elements”（五要素），但这其实却是错误的，因为中国思想中“五行”不是像古希腊“四元素”那样理解的是宇宙的构成成分，甚至也不是循环中的阶段（另一种译法将五行译作“Five Phases”，即五阶段），而是一个动态的过程，它们不是构成万物，而是在流动中生成万物，因而他主张译为“Five Processes”（五过程）。也就是说，中国人注重的恰恰不是“实有”的存在（being），而是联系，是其内在的德性（moral virtues），就像西医注重看得见的肌肉、骨头，中医却着眼于看不见的“经脉”；国际象棋占有的是方格，而围棋却是在点和线上。在龙崇拜上，与其说中国人崇拜与神化的是“一种动物”，不如说是“一种神秘力量”。
那么“龙”的特质是什么？如果其命名正是由于一种模糊不清的状态和空洞沉闷的声音，那么不妨推断，这最初是指向一种未分化的混沌状态。在汉语中有几组同源词：笼、笭；陇、陵；“玲珑”可想也是，另如空、孔、腔、肛、虫、洞、虹、拱、共、洪、鸿蒙、琼、穹窿、穷桑、空桑、空桐、窟窿等等，也都表有某种中空、弯曲的状态。王小盾以“空腔崇拜”概括这类现象：“崇拜有空洞的事物，例如崇拜石洞、葫芦、木箱、陶瓮、壶、舟、鼓、桶、瓜、蛋等等。从内涵看，空腔崇拜接近于‘母体崇拜’。”他甚至进而断言：“所谓‘龙’，不过是‘生命的胚胎状态或孕育状态’这一观念的代名。”
然而，龙在中国并非司繁殖之神，但鼍龙如雷鸣的叫声，使古人将之视为鼓乐之神、雷雨之神。这可与南方各族对蛙的崇拜对比，法国人类学家列维-施特劳斯认为：“蛙（天上水的主人）和鳄鱼（其语义地位为地上水的主人）之间存在对应关系。”他发现，很多原始族群着迷于具有自然或人工空腔的物体，如竹子、鼓、树皮筒，而树干中空的木棉科树木则被南美土著视为“包含原始水和鱼的世界树”；在中国神话中，空桑、泡桐、葫芦也具有类似中空特征，这使它成为一种良好的容器，可“用于制造最珍贵的乐器”，最终“用来使自然界力量‘改变方向或抵挡’之”。在此，音乐并不仅仅是音乐，而被视为宇宙的节律，并具有召唤雷电和雨水的神力。
更重要的是，龙身上具有混沌不明的多重性，以至于让人困惑的是，它看上去既可以“是”不同生物，又都不是。11世纪成书的《突厥语大词典》记载，突厥十二生肖以鳄鱼替代龙，并用nǝk一词（很可能借自汉语“鳄”）兼指鳄鱼和鲨鱼，而指称“龙”的nǝk yïlan一词直译即“鳄蛇”。蔡鸿生发现，突厥十二生肖中，“龙”最多变，时而为“鳄”，时而为“鱼”，“即使以汉语借词的形式出现，也往往音同义异，各有其‘龙’”，如土库曼人译为“鱼”，而诺盖人则指鸟或虫，阿尔泰人甚至理解为沼泽水鸟或长颈怪兽。他认为，“这大概是因为对突厥族来说，‘龙’是一种异族的神兽，本来就无法理解，难免越弄越玄了。”然而实际上，即便中国人自己，也同样把龙混同于不同类别的生物。
李时珍在《本草纲目》中说：“鳞虫有水、陆二类，类虽不同，同为鳞也。是故龙蛇灵物，鱼乃水畜，种族虽别，变化相通，是盖质异而感同也。……唐宋本草，虫鱼不分。今析为鳞部，凡九十四种，分为四类：曰龙，曰蛇，曰鱼，曰无鳞鱼。”他明白指出：鳞虫水陆皆有；外观不同但“变化相通”；而且古人对之“虫鱼不分”。最后这一点，在造字上就能看出：龙类的蛟、虬、螭均从虫，但《广雅》归入“释鱼”，《说文解字》认为“池鱼满三千六百，蛟来为之长，能率鱼飞”，视为鱼神；“鳄”字从鱼，据陆佃《埤雅》，古亦作“鮀”；而“鼍”字从黾（蛙）单声，同部的“鼈”字俗又作“鳖”或“蟞”，是大龟却又可从黾、从鱼、从虫。还有“鼇”字，也是传说中的大龟，今通作“鳌”，也可两从。
中野美代子指出：“在《西游记》成书的十六世纪，水族博物学尚不健全，大多将龟与鳄鱼混同在一起，归为龙的同类。东西南北的海中龙王分别称为敖广、敖闰、敖钦、敖顺，其中均采用‘敖’字，这也源于‘鳌’字。”但确切地说，这不是因为“水族博物学尚不健全”，而是中国文化的思维一贯注重看到事物之间的联系相通之处，这才倾向于将之归为同类，而我们现代思维则从实有存在的事物视角出发，总觉得这种思维显得含混、枝蔓乃至错误。
人类学家玛丽·道格拉斯在其名著《洁净与危险》中发现，《圣经·利未记》中对世间动物的分类很难用现代思维理解，她最终发现，这是因为在《圣经》时代的人们眼里，“圣洁”意味着从混沌中创造出秩序，将事物“分别出来”：“圣洁是以完整性为标准来检验的。圣洁要求每个人都要符合他所归属的阶级或阶层；圣洁要求不同种类、层次的事物不能混淆。……圣洁就意味着完整的，独一的；圣洁是统一的、内外一致的，无论个体还是整个类别都是完美的。”这样的一个认知框架要求清晰的边界：“总的说来，判断某种动物是否洁净的原则，就是看它是否与其所属种类（的基本特征）保持一致。这些鸟类之所以是不洁净的，是因为它们在其种类中是不完美的成员，抑或是因为它们的种类本身混淆了世界的基本架构。”不同的动物应该各从其类，在《创世记》中展现的海陆空三界中照适当的方式活动，“任何生物，只要它不‘配备’适于其所在层位的正确运动方式，就是违背圣洁的。人们如若接触了它们，就没有资格进入圣殿。因此水中之鱼，凡无鳞无鳍的就是不洁净的。”据此，在陆地上爬行、蠕动的动物是不洁的，“因为它破坏了世界的基本分类。涌往群集的生物既不是鱼，也不是动物，也不是禽；鳗鱼和蠕虫虽然不是鱼，却可以生活在水中；两栖动物不是走兽，却栖身于干燥之地；有些昆虫不是鸟，却能够飞行。它们没有秩序可言。”
之所以要长篇征引，是因为这对我们认识中国神话思维中的“龙”极具启发。比照可知，中国人的观念恰好反其道而行之，龙难以归类、边界模糊的特性非但没有被视为不洁和邪恶，反倒被看作是神圣。在《圣经》中偏向于“从混沌中创造秩序”，是“从全部的材料中作出有限的选择”，而将混杂看作无序，但正如玛丽·道格拉斯也承认的，在原始无分化的宇宙中，“无序的含义就是无限，在其中没有实现过任何模式，但是它形成模式的潜力也是无限的”。在印欧系的琐罗亚斯德教中，偏重的是光明与黑暗的宇宙二元因素彼此不断斗争，但中国却讲究阴阳合一，是一个不分化的宇宙模式，这也意味着中国文明有一种特别保守的倾向。
比较神话学研究发现，人类不同文明中的大母神，如两河的伊南娜、古埃及的伊西斯、古希腊的得墨忒耳、弗里吉亚的赛比利、阿兹特克人的克特利丘、印度神话的雪山神女，“常是在外貌、性格和神职上兼有双重性的：她们往往集美丽与丑陋，仁爱与专横，光明与黑暗，理智与任性等于一身，是生命与死亡的主宰，创造与毁灭的源头”。在印度，每一位神都既有“温和相”，也有“畏怖相”，大神湿婆周期性地创造和毁灭整个宇宙。中国神话中的西王母也是如此，小南一郎在《中国的神话传说与古小说》中指出：“西王母本是东西、日月、男女等宇宙的二元要素具备于一身，统合并支配它们的。原西王母由于两性共具而表明了它的全能性质，但是在时代环境的变化之中，原西王母的绝对的机能被限制了，由两性共具而变为只有一方即西方、月亮、女性等阴的要素由它来代表。”这样，在汉代才出现了与“西王母”对应的“东王公”，他征引神话学家伊利亚德的观点认为：“成对的神常常是原来赋予这些神以特征的原始的两性共具者（androgyny）的后代变形，是一种不完全的公式化。”
两性共具是一种异常状态，但正如人类学家埃德蒙·利奇所指出的，“异常（anomaly）是神圣的一个突出特点”。这可能让人感到恐怖，也可能受人推崇。在纳瓦鹤印第安人中，雌雄两性人也被视为不正常，“但它激起的不是可怕和恶心，它激起的是神奇和惊惧的情感。阴阳两性人被认为是得到了神的祝福者，而且，他们可以把这种祝福转施与人。”克利福德·吉尔兹据此认为：“雌雄两性人也许是上帝造成的，但所有其他的结论却是由人设定的。”因此，西方思想注重实存、秩序，边界清晰，排斥厌恶模糊、混杂，但中国思想却认为混沌才蕴含着深不可测的力量。
被归为与“龙”相似或相通的那些生物，除了鱼之外，另如鳄、蛇、龟、蛙等均冬眠，在古人看来有如周期性地复活，且几乎无不是两栖的（猪虽为兽，却喜水），具有水陆二重性，能从水中取土。穿山甲在今天看来是爬行类，但古人称为“鲮鲤”，造字从鱼，《本草纲目》归入龙类，因为陶弘景称它“形似鼍而短小，又似鲤而有四足，黑色，能陆能水”，它被看作是两栖有脚的鱼。而龙更为强大，在获得飞翔能力之后，甚至能遨游水陆空三界——这是任何神圣生物都无法比拟的，凤只能在陆空两界，龟等则只在水陆两界。这是鱼崇拜的升级版，因为鱼只能在具有巫术力量的原始水体中，但在进入农业文明之后，土与水开始具有同样的重要性，此时龙就比鱼更为重要了。试想，龙既是鱼，也是虫，又是蛇，既能水生，也能上陆，在水中穴居，出没无常，不受任何边界限制，甚至“自为牝牡”（雌雄同体），集各种特质于一身，统合支配宇宙中相反相成的各种元素，诚可谓“天上地下，唯我独尊”。
既然这种神性是整全的、未分化的，势必也就是丰富的，因为所有的“多”都是从这个“一”中间生成的。《太平广记》卷四六四“鼍鱼”条引《感应经》：“其一孕，生卵数百于陆地，及其成形，则有蛇、有龟、有鳖、有鱼、有鼍、有为蛟者，凡十数类。及其被人捕取宰*之，其灵能为雷电风雨，比殆神物龙类。”常被视为古代科学家的沈括，在《梦溪笔谈》同样记载少时在闽中见到鳄鱼，“大体其形如龟……生卵甚多，或为鱼，或为鼍、鼋，其为鳄者不过一二。”这种看来完全违背现代生物学原理的观念，只有在这样的巫术思维中才能得到理解。耐人寻味的是，虽然中西思想均强调神圣事物的整体性（wholeness）和整全性（completeness），但却迥然相反：西方是排他的，圣洁的整全性意味着杜绝任何污染，然而在中国人的理解中，整全性却是包举一切。
由于同时兼有双重属性，交通天地，集善恶、阴阳于一身，这自然会让人感觉捉摸不透、神秘莫测。《风下之乡》中提到北婆罗洲土著对鳄鱼的崇拜与此相似：“在京那巴当岸河上，鳄鱼被看作是对人的威胁，因此是‘坏’的，*死鳄鱼并不犯忌；而在加拉巴干河流域的人们眼里，鳄鱼是‘好’的，任何人去惊扰鳄鱼都是犯忌的行为，因为有了这种人和鳄鱼之间互不相侵的约定，一旦人破坏这个约定去*扰鳄鱼，鳄鱼就会报复性地‘变坏’。如果我们是在加拉巴干河，是绝对不会去*死这条鳄鱼的，这种行为会立即结束人和鳄之间的友善关系。然而有一点，无论在什么河上，我们都不能说‘鳄鱼’这个词，本地人相信，提及它的名字会吸引它的注意，并诱发它的残暴，因而‘鳄鱼’始终被‘爷爷’所指代。”希罗多德在《历史》将鳄鱼称作是“水陆两栖的四足兽”，“有一些埃及人把鳄鱼看成是圣兽，但另一些埃及人则把它看成是敌人”，这正是因其善恶两重性。
中国的龙也是如此：它既表吉祥，又有恶龙，但这种善恶其实都是后世人为区分的结果，其最初的面貌极可能既善又恶、非善非恶，神秘莫测。只有单独的“阴”或“阳”才是清晰的，彼此交错则势必你中有我、我中有你，呈现出光怪陆离、繁复混沌的面貌。兼具两种特性被认为是阴阳调和之后更强大的特质，高诱注《淮南子·说山篇》：“玉，阳中之阴也，故能润泽草木；珠，阴中之阳也，有光明，故岸不枯。”不仅如此，神性中的二重性还能互通，甚至相互转化。中野美代子在对《西游记》的研究中指出，猴子被称为“弼马温”（避马瘟），是因它具有两义性，“既是害群之徒，又是马的保护者”。
中国先民认为，宇宙的力量不断在流动、变易，故占卜之书称为“易经”，八卦之象则称为“爻”，《说文解字》解释：“爻，交也。象易六爻，头交也。”“乂”是古文“五”，表示错杂或“天地交午”，这被认为是宇宙的最终奥秘。龚鹏程《中国文学批评史论》开宗明义指出，汉字“文”的本义乃指“阴阳交感、异类相交”，而“章”也指异类交错间杂。
由此我们也能理解，蛟龙之“蛟”，并不像《述异记》所解释的，是因“其眉交生，故谓之蛟”，而是因为古人相信它是阴阳交感这一宇宙终极力量的神显。这一神秘力量能够以不同形象显示自我：在鳞虫为“蛟”，在鱼为“鲛”（日本至今称鲨鱼为“鲛”，音读为こう，kō），《中庸》提到“黿鼍鲛龙”，本又作“蛟”，说明在“虫鱼不分”的古人心中，这两者相通。在兽则为“狡”，《山海经》中这也是一种神兽，“有兽焉，其状如犬而豹文，其角如牛，其名曰狡”，这表明其交错的皮毛纹理是神性的体现。在马也有“駮”，古通“驳”，传说中是一种似马而能吃虎豹的猛兽，后世多以为仅是指其皮毛颜色不纯（所谓“斑驳”、“驳杂”仍保留此意），但如果明了这些命名的本意，则可知秦琼那匹骏马“忽雷驳”，何止仅指其为杂色而已？那是隐喻其为神兽。
龙、凤、麒麟、玄武这类复合形象的神兽，由于其神性本身就是二重乃至多重的，兼备多种神能，因而形象势必不可能单一对应某种现实中的生物。现在广为流行的十二星座中的摩羯座（Capricorn），在古希腊原为一种半羊半鱼的神兽，也即身兼水土二重性，但东传后，印度本土没有这类怪物，只能改用印度神话中的Makara来替代，汉语的“摩羯”即因印度“中介”后的音译而来。摩羯在梵文中常被视为海龙（sea dragon）或水怪（water-monster），现在通常认为源出印地语中对鳄鱼的称呼magar，但也有学者认为其原型是儒艮、海豚，甚至是水牛或犀牛。在汉译佛经中，它一般被称为“摩伽罗”，被理解为是大鱼、鲸鱼、巨鳌。有趣的是，它的另一个名称Kumbhīra/Kubera（似是Capricorn前半的音译），在汉译佛经中作金毗罗、宫毗罗或俱毗罗，常被视为对应于中国的蛟龙，李时珍在《本草纲目》卷四三“蛟龙”条下注明：“梵书名宫毗罗。”甚至有人主张，作为孙悟空原型之一的水神无支祁，其实就是梵文Makara的吴语音译。
和龙一样，摩羯形象在演变中，也添加了各种不同动物的形态，虽然其某些形象还能分辨出鳄鱼的样子，但又常有着鱼尾，而最特殊的，是其上腭变成了象鼻，因为象在印度文化中是陆地之王，以此可赋予摩羯在水陆两界的神力。这类神兽在形成之后，当文明再向前演进时，就会被人形的神所取代，在西方文化中，原先被崇拜的神兽往往在被妖魔化后遭到镇压，蛇神变为蛇妖，重心转向英雄主义。在印度，它们成为新的人形神的坐骑，其神力也就转移到座主的神灵身上。如摩羯原应为水神，后来却成了恒河女神的坐骑。
在中国，神兽的结局最为和缓而特殊：既没有被妖魔化，也未被镇压，驯服它们的却也不是神灵，而是祭政合一的帝王。像御龙氏（刘累豢龙）、“萧史乘龙”（“乘龙快婿”的典故出处）这样的记载和传说或许表明，在先秦时代的观念中，乘龙、使凤很可能原本并非帝王的专利，而是掌握巫术者均可为之。在后世的道教思想中，得道者仍可借助龙、虎、鹿三蹻的脚力，上天入地，穿山下水，并同鬼神相交往，或许便是这一观念的残余。由此来看，自古以龙为帝王座驾，虽然被普遍视为王权的象征，但这背后其实是神权，御龙者即获得了龙统合支配宇宙的神力。只是在“绝地天通”之后，帝王逐渐以垄断的神权来巩固自己的王权，又进而以王权确保自己神权的排他性，最终使“真龙天子”成为这一神秘力量的唯一合法支配者。
