在达尔文《物种起源》发表后不久，孟德尔豌豆遗传实验，获得了豌豆性转遗传的规律，他发现某种性状在种群中会有一定的比例，揭示出遗传学的两个基本规律--基因的分离规律和基因的自由组合规律。在1860年代，孟德尔遗传实验的论文并没有获得重视。但是后来近现代科学家中却获得了证实，并且促进了《遗传学》的发展。起初遗传学也还是在生物个体性状基础上进行研究，随着观测技术的发展，科学家们可以观察生物细胞染色体、基因等微观结构，发现生物的基因一直在变异，而基因控制着生物的性状特征，性状在生物群体内又保持着一定的比例，由此提出了“基因频率”的概念。
种群基因库基因频率的发现，也逐渐使科学家们意识到，基因才是物种进化的基础。与达尔文不同，现代科学家们认为，生物进化的原材料是“基因库中的基因”，而种群的所有基因构成基因库，于是得出，生物进化的基本单位是种群。基因能否在种群中遗传下去，要看这种基因的频率、基因所决定的形状与环境的关系，如果是有利于生物适应环境的“有利基因”，就更容易在种群中遗传下去。
现代生物进化理论认为，种群是生物进化的基本单位，基因库中的基因是生物进化的材料，当某种“有利基因”遭遇环境变化而适应以后，在种群基因库中的频率就会上升，使更多的后代个体携带此种基因，可以适应变化了的基因。同时也提出了中性突变、间断平衡等假说。可以看出现代生物进化理论，并没有全盘否定达尔文进化论，而是在接受了达尔文“进化”的思想基础上，更广泛、更微观的研究。
所得的研究成果也逐渐成为生物学界的共识，因为很多生物现象确实可以得到很好地解释，在研究中也不断获得证实和重复观察结果。并且已经被应用于实际，转基因技术、杂交技术、育种技术、疫苗生产中，都会用到遗传学、现代生物进化理论的知识。人类通过改造某种生物的基因，来获得想要的性状。进化论的思想不仅没有被抛弃，反而被科学家们发扬光大。网络流传的“进化论只是假说却被当真理”、“进化论被推翻”、“进化论在西方国家被抛弃，在国内依然盛行”等等观点，都是胡编乱造。
