进化论一直是个充满争议的话题。许多人很难相信生命都起源于一个共同的祖先，黑猩猩是人类的进化“表兄弟”。而且他们也很难相信，突变、自然选择和其他进化机制就能解释地球上的物种多样性。
然而，科学界在很大程度上一致认同进化论是物种多样性背后的主要驱动力。对此，科学家投入大量的精力，研究物种之间的联系，深入研究遗传漂变的细节，并将进化论变得更容易理解。
事实是，进化并不是一个简单的概念，它是错综复杂，有不断的争议的。对进化的误解往往会导致错误的观念、分歧的论点、以及对进化论的深深怀疑。问题是.……关于进化论的常见误解是什么？
简言之：混淆自然选择和进化，不理解什么是特征适应性，纠结于进化是否是完全随机的问题。这些人认为进化解释了生命的起源，并以为进化是积极的进步，等等。
自然选择与进化是进化论中最常出现的困惑。根据进化的定义，进化是伴随着基因频率的变化，产生基因不同的新物种。因此，新物种具有独特的新特征。进化论中有许多进化机制，包括遗传漂变、突变、基因迁移，但最著名的进化机制是自然选择。现在，自然选择通常与“适者生存”联系在一起，竞争和生存是物种之间的普遍现象，所以自然选择是进化论中最突出的机制。
突变是自然选择中最关键的因素。关键基因中的某些变异会引起物理性状或特征的改变，增加生物对环境的适应性。适应性，简单来说就是生物的生存和繁殖能力。例如，某些突变导致鸟的爪更大，爪更大有助于狩猎，从而使鸟更好地生存下去。因此，这个基因在后代中会更占优势，并使后代更适应自然条件，狩猎能力也越来越强。
然而，还有其他形式的选择，如人工选择和性选择。人工选择是选择生物中某些对人类有利的变异，并使其得到积累和加强的过程。性选择是生物为了争取与异性交配而发生竞争，配偶的“良好基因”得以在后代中遗传下去。显然，自然选择以及这些其他机制只是进化过程中的一小部分。
进化是否是随机的很难下定论。因为进化中既有随机进化也有非随机元素进化。例如，自然选择是使适者更易生存的过程，将具有良好性状的特点保留下去，向下代传递相关的遗传信息，包括该有益性状的基因。
然而，这种特征（即突变）是随机的。这也是人们经常感到困惑的地方。例如，人们可能会看到某只鸟的嘴异常大，然后又看到这种鸟进食的浆果大小。由此得出结论，浆果对于鸟嘴来说太大，所以鸟进化出一个更大的喙，方便自己进食。这种观点是不正确的。因为突变是随机的，并不是为解决特定问题而突变的。一些突变可能导致鸟具有更大的喙，而其他突变也有可能导致鸟具有更小，或更窄的，甚至是颜色不同的喙。有利于生存的突变将有助于鸟繁殖后代，并进食最爱的浆果。因此，虽然某些进化过程不是随机的，是可预测的，但生物进化的核心是随机的。
在学习自然选择之后，人们认为一切生物特征都有其用处，但明显这是错误的。从人类身体就可找到相关证据——如人的尾骨、肚脐、眼睛的颜色、或男性的乳头。人类没有必要的原因去拥有这些特质，而且其中一些生物特征可能是毫无用处的。例如，眼睛的颜色对身体没有影响，尾骨是进化过去中留下的，因为最初人类是有尾巴的。这个论点在宗教中备受争议。
大自然的物种丰富多样，并不是一切东西都为了某种特定目的而存在着。另外，随着物种的进化和分化，功能也会发生变化。当环境或掠夺性压力发生明显变化时，已经演化了数千代的生物性状不会简单地消失。
进化和生命的起源再次，人们反对进化论，是因为他们认为进化论试图定义生命的起源。虽然进化论在某些方面表明或假设生命可能起源于深海热泉附近，但并没有明确的证据证明这一点，因此它不是整个进化理论的关键部分。绝大多数关于进化论的讨论都集中于生命“起源”后生物的多样性发展。
进化都是变得更好，这是最常见的误解。这些想法逐渐演变成任何物种比之前更为先进，更易于生存。持有以人类为中心的世界观人很容易相信这一点——人类是地球上最强大的物种，处于食物链的顶端，是进化“最远”的物种。
然而，有些物种在地球上存活了很长的时间，还经多次历过灾难性的生物大灭绝事件。例如，某些鲨鱼、螃蟹和虾已经存在了几亿年。因此，认为进化论类似一部阶梯，人类处于阶梯的最顶端，这是完全错误的。
进化更像一棵树，它有着数百万的分枝。一些特定的性状需要花费几千万年的时间来进化，并不能因为这些性状出现在“简单”或“基本”的物种之中，就认为这种进化落后于人类、大象、海豚或黑猩猩。进化结果不能用质量或时间来衡量。在地球上，每一种生物的进化都是非常神奇的，都是相当令人难以置信的。
