刘峙这一次“长跑”，让他彻底丢人现眼，老蒋也认为刘峙担不了大任，于是将刘峙调到第一战区任副司令长官，兼任新兵督练公署主任，不久调任鄂湘川黔绥靖公署主任。这段时间，刘峙很低落，他后来回忆，甚至认为受到不公平待遇。
1939年，刘峙到陪都重庆任卫戍区司令和防空司令，这次老蒋把重庆防空大任交给刘峙也不知道是怎么想的。因为重庆防空是首要任务。
刘峙任职的卫戍区是一个肥差，重庆所有防空防卫任务都由他担着，他没少捞钱。但刘峙却在1942年日军对重庆轰炸中造成了“重庆隧道惨案”，很多平民死亡。刘峙再次受到指责，国军甚至成立军事法庭要法办刘峙，最后在何应钦的保护下，只是撤掉刘峙的防空司令一职。这次刘峙平安过关，多亏何应钦，看出他与何应钦的感情。朝廷有人好做官。
1945年，刘峙任第五战区司令，不久抗战胜利。整个抗战中，刘峙并没有多大作为，不仅得了个“长跑将军”外号，还酿成一桩惨案。刘峙在抗战前的那些战绩也被人认为是偶然得到的。老蒋对刘峙不满，虽然官职保留，实际上已经弃用了。而与刘峙同期的人数不断上升，并超过了刘峙。
听话刘峙在抗战中糟糕的表现，为什么老蒋最后还启用他呢？其实刘峙有一个最大的特点：听话。他看出老蒋对他不满，因此抓住一切机会向老蒋表忠心。抗战胜利后，刘峙有了一次表现机会，1946年6月，刘峙统领第一、第五战区突然向中原军区进攻，内战第一枪打响了。
在这次战役中，刘峙指挥30多万围攻中原军区6万多解放军，但最后中原军区兵分多路全部突围。刘峙再次失利，让老蒋不满。从此也不再走运了。
第二年，刘峙再次遭遇失败。1947年6月，刘邓大军突然强渡黄河，突破国民党的防线。这条防线是刘峙部防守，失守后，老蒋大怒，撤了刘峙所有职务。
解放战争后期，老蒋已经没有招架之力，淮海战役时，老蒋再次启用刘峙任徐州“剿总”司令，有人认为老蒋念及旧情，其实老蒋无将可用了，而且刘峙听话。但徐州是重地，这就是开始所说的，派刘峙就如派一个猪来守徐州。
其实老蒋还用杜聿明任副司令，主要负责军事。但杜聿明要听刘峙的，杜聿明计划先击破中原*军，再战华东*军，但刘峙不同意。后来有资料认为责任在刘峙，其实杜聿明计划也不完美，那时用什么计划都已经无法抵挡解放军，只不是早晚的问题。
淮海战役，国民党军精锐全部报销。刘峙作为总司令当然要担责，因此被撤职。
刘峙被撤职后，也感觉老蒋没希望了，于是带家人去了香港，但在香港被以前部下骗了不少钱。刘峙担心不安全，1950年刘峙到印尼生活，他在印尼做生意赔了，无奈之下，只得靠三姨太黄佩芬教中文维持生活。有一次黄佩芬回香港，刘峙替夫人来上课，居然受到学生喜欢。
老蒋听说刘峙在印尼的情况后，想到刘峙对自己的忠心，就是让刘峙回台湾，并给他一些闲职，刘峙就在台湾安度晚年了。1971年，刘峙在台中病逝，享年79岁。
从刘峙一生来看，老蒋之所以重用刘峙，归根结底是刘峙听从蒋介石，虽然西安事变后老蒋对其不满，但并不是刘峙过错。但听话并不是用将之道，而且刘峙太过圆滑，什么事都不想担责，淮海战役时，就如老蒋所说，大事小情都都给他打电话。这样的将领根本不能用。
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