自1996年以来，湖光岩已列入中国国家自然科学基金和国际“欧亚玛珥湖”研究计划等项目，并已取得重大的科研成果。
未解之谜与传说
有湖就一定会有围绕湖的各种传闻与谜团。
谜团一：大旱不干，大雨不溢，落叶无影，超强自洁。
湖光岩没有河流注入，水源主要是地下水补给，但是旱季雨季，水面高度始终没有变化，周围植被繁茂，落叶入水很快就不见，水体常年清澈，虽然不流动，但是不臭不腐。据《雷州府志》记载，该湖“大旱不涸，淋雨弥月不溢 ；“以水中皆黑沙石至清无垢，人没肩尚可数足指纹，故亦名净湖 。时至今日，湖水仍然清澈见底，且不脏不臭。这可能和周围分布较多火山岩，岩石多空隙的吸附净化功能有关。
谜团二：湖区不见蛇、蛙、蚂蟥。
有道是有水必有蛙，而2．3平方公里的湖光岩，水中竟没有一只青蛙，也没有蛇和蚂蟥的踪影。
谜团三：湖边高湖心低
按说一个湖的湖面应该是在同一水平面才对，然后据说湖中心的水位居然要比湖边低30厘米。仿佛湖底有一个巨大的磁力在起作用。
谜团四：湖底直通大海
由于湖光岩地处海边，距离湛江口只有不到5公里，曾有湛江潜水学校的学员声称在湖里看见过海鱼湖底还有一个大洞。便有传闻湖底与南海相通的说法。
赵建国是国家体育总局湛江市潜水运动学校的一名专业潜水教练，他曾多次在湖光岩进行潜水训练。至今，他仍然清楚地记得二十年前，1984年的那次潜水经历。1984年的大概6月份左右，赵建国进行一次日常潜水训练时，他在湖底发现了一个奇怪的洞口。洞口不是很大，大概直径两米左右差不多。是在湖底的一个斜洞，出于好奇他潜走进去两三米远，但是由于没有带水下照明设备，洞内非常黑暗，水温也急剧降低，最后就不敢进去了。
谜团五：1948年湖水暴涨淹没寺庙
1948年八月十五，湖光岩的湖水突然暴涨，在湖光岩的西南方向，有一座古老的佛教寺庙----愣严寺。寺庙依山而建，面朝湖光，距今已有近千年的历史了。楞严寺的地势要比湖光岩高出不少，连续5天湖水暴涨，水量很大寺庙被淹。在湛江市档案馆有湖水暴涨的历史记载：在一份出版于民国三十七年，也就是1948年的报纸上记录如下：“本市奇事，湖光岩在连日天晴下，湖水陡涨约一丈，湖水淹没周围的树木，几乎盖顶，并涌入楞严寺，寺中由低至高分级排列的菩萨塑像，逐级被淹，主持和僧人惊恐而逃，同时极力抢教经书、经文和游客题录，将这些珍贵的资料搬到山顶暂避。百千余年来所未见。”
除了这些未解之谜，还有坊间的一些传闻。
传闻：湖光岩龙鱼水怪
从二十世纪九十年代开始，在湖光岩里就陆续有了湖怪的传言，很多人在那里看见了一个形体巨大的生物，就像传说中的天池水怪一样，人们议论纷纷，在湖光岩里也有一个神秘的水怪存在。1998年5月28日，湛江科技大学六十多名学员正在湖光岩旁边的望海楼玩耍，突然湖中央水面出现两条巨大的不明水生物，目测个头比和附近的快艇相当。
对于湖底洞穴，水怪种种传闻 中央电视台《走进科学》曾派出摄制组进行调查。以下是节目中的文字整理片段。
