发生稻瘟病的水稻植株
稻瘟病由真菌寄生引起，青灰色霉是病菌的分生孢子，病害的扩展靠分生孢子在空气中传播。病菌发育最适温度为25℃～28℃，适温高湿，有雨、雾、露存在条件下有利于发病，因为高湿有利分生孢子形成飞散和萌发。一旦高湿度持续达一昼夜以上，就极易导致病害流行。
抗病性缺陷一直是杂交水稻推广的最大阻碍。水稻育种界公认评判品种好坏的基本原则是“高产、优质、多抗”，即产量高、品质优良、抗多种病虫害。在粮食匮乏的时代，产量指标是首要的关切。当粮食问题的基本解决后，高品质和稳定产量就上升到主要地位。
我国幅员辽阔、气候环境复杂的地理特点，决定了在农业育种领域，不可能全国一盘棋。因为各地气候、土壤、灌溉条件千差万别，在农作物的培育上具有鲜明的地域特色。因此，在南方水稻主产区，使用的稻种还是以各省市的地方产品为主。
在水稻领域，北方主要种植的粳稻。这个类别里，杂交品种占比2%以下，其余全是常规品种。南方种植的籼稻，才以杂交水稻为主力。
当前，我国的粮食总产量里，稻米只占三成出头。以2018年为例，当年我国水稻种植面积4.5亿亩，总产量2.12亿吨，占到全国粮食总产量的32.22%，其中杂交稻在整个稻米的产量中占比不到一半。
目前全国水稻种植面积中，常规稻占2.45亿亩，而杂交水稻占2亿亩。根据农业部统计数据，我国在2014年至2018年间，全国种植面积排名前十的稻种全部是常规稻，其中粳稻7种（龙粳31、宁粳4、绥粳14、绥粳18、南粳9108、龙粳39、龙粳43），籼稻3种（中嘉早17、黄华占、湘早籼17）。
谢安华院士2008年在湖北随州主持“黄华占”现场验收
我们选取同为籼稻的常规品种，风靡全国十余年“黄华占”进行对比分析。该品种由广东省农业科学院水稻研究所的周少川团队选育而成，2005年通过广东省审定，之后连续在湖南、湖北、广西、海南、江西、浙江、安徽、河南、重庆、陕西省审定，是一个早、中、晚兼用的水稻品种，具有优异的抗病性、抗倒伏性，并且具有很强的再生能力。
在湖南华容的试验中，“黄华占”达到800公斤的亩产。而全国大田总体平均亩产达到500公斤，超过了“Y两优2号”的大田产量。可见，在技术进步的带动下，杂交稻相比常规稻已经没有显著的产量优势。
其实，从2001年开始，随着农业技术的进步，以两季稻、三级稻、再生稻技术路线为代表的常规水稻，在亩产上大幅度提升，已经达到甚至超过了不少杂交稻品种，而在口感上更好。所以常规稻的种植面积大幅攀升。
2020年，杂交水稻的制种面积持续下降，呈现出制种类型增加，而单一品种数量下降。同年，常规稻制种面积较2019年增加4%，继续保持增长势头。到目前面临的推广困境不仅局限于国内，在国际上同样如此。
其中，越南的情况最具代表性。2010年以前，越南为了保证粮食安全，大量进口我国的杂交稻品种，政府还对种植杂交稻的农户予以补贴。但是，到了2010年以后，随着群众生活的提高，对稻米的品质要求也随之上升。杂交稻口感不如常规稻的劣势开始显现。随着技术的进步，常规稻的产量也迅速提高，完全能满足需求。越南本国最大的两家种子公司，中央种子公司和太平种子公司生产的BC15、TBR225等品牌都能满足本国需求。所以，越南的杂交水稻种植面积在2010年以后大幅度下跌，仅占水稻总种植面积的5%左右，年均种子进口量从高峰时期的1.5万吨下降到不足1万吨。
不过，我们必须看到，正是国家层面的持续投入，使得我国的水稻育种水平要明显高于其他主要水稻种植国。具体到产量数据上，我国的水稻平均单位产量4.8 吨/公顷，远高于全球平均水平3 吨/公顷，也显著高于其他主要水稻种植国家1.9~3.6 吨/公顷（如印度、越南、泰国等）的水平。
