大规模捕捞这种虾类，确实可能会给南极海域的生态系统造成影响。很多以之为食的动物，食物短缺会导致数量减少。不过人类每年的捕捞量还没达到影响生态系统的程度。
CCAMLR对各国捕捞总量制定了规定，规定了主要捕捞区域四个亚区的捕捞量，每年不能超过62万吨。各国年捕捞磷虾总量低于30万吨，还能继续扩大市场规模。
相比人类捕捞对磷虾造成的影响，气候变化对它们的影响更大。南极海冰融化速度加快，面积越来越小。磷虾的生存依赖海冰，海冰面积减少，磷虾的数量也因此下降。所以减少排放温室气体，能更有效保护磷虾的生存。
