迄今为止，海藻肥分类仍未形成统一意见，农资市场上常见的几种分类是这样的：
第一、按营养成分配比，添加植物所需要的营养元素制成液体或粉状，根据其功能，可分为广谱型、高氮型、高钾型、防冻型、抗病型、生长调节型、中微量元素型等，适用于所有作物。
第二、按物态分为液体型海藻肥，如液体叶面肥、冲施肥; 固体型海藻肥，如粉状叶面肥、粉状冲施肥、颗粒状海藻肥。
第三、按附加的有效成分可分为含腐植酸的海藻肥、含氨基酸的海藻肥、含甲壳素的海藻肥、含稀土元素的海藻肥等。
第四、海藻菌肥，直接利用海藻或海藻中活性物质提取后残渣，微生物发酵而成的产品。
第五、按施用方式划分为叶面肥：用于叶面施肥喷; 冲施肥: 用于浅表层根部施肥; 浸种、拌种、蘸根海藻肥: 海藻肥稀释一定倍数浸泡种子或拌种浸泡过的种子阴干后可播种，幼苗移栽或扦插时用海藻肥浸渍苗、插条茎部，滴灌海藻肥用滴管施肥，用颗粒、粉状、复混海藻肥作基肥施用。
第六、海藻生物有机肥、有机无机复混肥：青岛明月蓝海生物科技有限公司以泡叶藻原渣经三重生物发酵精制而制成的生物有机肥在行业内已得到认可。新田龙集团的海藻·生物有机无机复混肥料也已广泛应用与众多作物上。
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