然而，“鲢鳙治水”也不是万能的，成功和失败的案例兼而有之，不能将其作为“一劳永逸”的净水手段。
就以千岛湖为例，自大力放养鲢鳙以来，蓝藻水华确实销声匿迹，但水质却时好时坏，局部水域的藻类仍存在异常增殖迹象。2009年中国环境监测总站发布的月报检测显示，千岛湖的污染指数达到了30.3，水质下降到IV类水质标准，主要污染指标是总氮。IV类地表水一般只用作工业用水，这对身肩“供水重任”的千岛湖来说是不小的威胁。
千岛湖水华预警系统
以2009年为时间节点，此前湖区水质检测的优势藻种是硅藻门及隐藻门，此后优势种逐渐向蓝藻门转变，这一趋势暗藏隐患。在蓝藻门中，新增的物种包括鱼腥藻、束丝藻、颤藻等有害藻类，可分泌蓝藻毒素，是水库、湖泊中出现水华的“罪魁祸首”。
无论是水质反弹还是藻类转变，都难以通过放养鲢鳙来根除隐患，问题的关键是要配合源头治污，通过截污纳管、提高尾水排放标准、水利调度等方式减少源头上的氮磷输入。
视线再回到千岛湖，湖区的污染源主要来自西北部的安徽江段。新安江由安徽注入浙江千岛湖，年入水量占全湖的六成以上，水体较肥，给千岛湖的水质带来了很大的负担。在新安江安徽段及上游水域，有必要截污减排，在此前提下，放养的鲢鳙才能锦上添花。
千岛湖的保水渔业是治理富营养化的“科学武器”，目前正在全国火热推广，桥墩水库、分水江水库、傀儡湖、长寿湖、庐山西海、陆浑水库等都是其中的受益者。
以重庆的长寿湖为例。长寿湖是重庆的“明星湖”，湖中岛屿众多，景色秀丽，和千岛湖一样都是国家著名旅游景区。
