重庆东站轨面标高为259m，站场范围内采用桥建合一形式进行设计。本次设计考虑重庆东站渝黔场、渝万场、东环场三个车场同步建设、同步实施，工程界面按照“垂直划分”的原则计列，界面划分示意图如下。
重庆东动车运用所按照二级场设计，主要承担重庆东站始发终到动车组的一、二级修、临修及存放作业，总规模为存车线55条，检查库线12 条。近期建设检查库线8条、存车线40条，由渝黔(江)铁路同步建设，同步实施。存车场东侧预留设置动货基地条件。
重庆至万州高铁于枢纽北端引入重庆东，与九龙坡至重庆东联络线贯通，沟通渝昆高铁和渝贵高铁，并于重庆东站北端设联络线接入重庆至黔江铁路沟通成渝客专，以满足万州方向列车沟通重庆站。
渝万至渝黔(江)联络线预留枢纽渝万城际至重庆东联络线接入条件，以满足渝万城际沟通重庆站。
