鳞状细胞癌相关抗原可存在于子宫、子宫颈、肺、头颈等鳞状上皮细胞癌的细胞浆中，特别在非角化癌的细胞中，含量更丰富。鳞状上皮细胞中鳞癌抗原水平升高，可发生于宫颈癌患者，25%至75%的肺鳞状细胞癌患者，30%的Ⅰ期食道癌患者，89%的Ⅲ期食道癌患者，也会发生于子宫体癌，卵巢癌和颈部鳞状上皮细胞癌患者。
鳞状细胞癌抗原虽然是肿瘤标志物的一种，但是特异性差，敏感度低，轻度升高不一定就是肿瘤，许多良性疾病也可以导致轻度升高，比如宫颈炎，肺炎，食管炎，皮肤炎症等。对于体检中单纯鳞状细胞癌相关抗原升高，不必恐慌，可以做进一步其他检查，或者连续数月复查，如果数值下降或者不变，则癌症的可能性比较小。如果数值连续数月动态上升，则要引起重视，及时做相关的其他检查。
判断是否罹患癌症需要根据患者的症状表现，血液检查，影像学检查，病理检查等等进行综合判断的，尤其是病理检查，这个是判断是否存在癌症的金标准。因此并不是说鳞状细胞癌相关抗原高就可以确诊为癌症。
对于已经患癌的病人，尤其是食管癌，肺鳞癌或者宫颈鳞癌患者，鳞状细胞癌相关抗原可以用来判断治疗效果，预测复发转移，与其他众多的肿瘤指标作用是一样的，只是一个参考指标。另外，不同的医院参考值略有差异，加上机器可能有误差，所以轻度升高或者下降也说明不了什么问题。对肿瘤病人来说，评估效果最重要的还是影像学检查，比如CT，磁共振或者PET-CT。
