那些逃到南方的锦衣卫们结局也不算好，在南明统治时期，朝局混乱，锦衣卫处处受气，还要担着无端的骂名。尽管南明朝廷坚持抗击清军，但是实在是实力不如人，再加上决策失误，有人拖后腿，导致每次都功败垂成，一直在清朝的追击下苟延残喘，最后被赶出了中国。
其中永历帝朱由榔在南明的数个政权中抗争最为激烈，持续的时间也最长。南明朝廷整个就是一笔糊涂账，各自都有道理，然而这种内耗很致命，再加上朱由榔本人实在不算是一个明君，南明的局势虽然一时有反复，但是还是没有掀起什么波浪，很快就被清军扑灭。
等到清朝将内部安定下来，开始腾出手对南明小朝廷进行最后的攻击。吴三桂率清军一路追击，一直追到了如今的缅甸境内。缅甸国主收留了如同丧家之犬的永历帝，但是缅甸国内也不平静，一场政变正在酝酿，缅王莽达之弟莽白*害了兄长夺取权利。
莽白对现实的认识非常清晰，直到清朝势大，而南明覆灭已经是板上钉钉了，中原广袤的领土上已经换了主人，此时向新王效忠才是最当紧的事情。再加上自己的王位来路不正，急需得到官方的认可，所以他将送上门来的永历帝当做了最好的礼品，去换取清朝的青睐。
于是莽白假意交好永历帝，暂时将他安抚住。然后告诉永历帝说要永结友好，宣称要去咒水同饮咒水盟誓，结为兄弟之国。这些话当然骗不过永历帝和一群大臣，清楚地知道这次宴会的凶险。奈何南明君臣手中没有任何筹码，此时只能任人宰割。当永历帝率领群臣到达咒水旁，已经埋伏在四周的缅军蜂拥而至，对这群南明最后的精华下了手。
大小臣子当然不会束手就擒，但是敌我差距实在是太大，终究是寡不敌众，英勇殉国。其中就有锦衣卫剩余的高层官员，这次全部报销。这最后的锦衣卫也没有辜负荣誉，都在勇敢战斗之后战死，用生命保卫了皇帝，保卫明朝最后的希望。
战到最后，永历帝的身边已经没有多少人了，大家都知道这是生死存亡的时刻，大概率过不了这一关了。于是包括永历帝后妃在内的女眷为了不被玷污，集体自缢身亡。处在尸山骨海之间，永历帝强打起勇气，想要维护一个帝王最后的尊严，自缢殉国，却被身旁的侍卫拦住，劝他保留有用之身。永历帝的勇气已然耗尽，对生的渴望压倒了一切，便顺势答应了下来，被缅军俘虏。
而那些已经战死的大小官员，那些勇敢的锦衣卫则无人问津，全部覆灭在咒水河畔，保卫了南明最后一程。这个从洪武年间诞生，被赋予无数权利和荣誉的特务组织，至此在永历流亡时期灭亡。锦衣卫贯穿了明朝始末，陪明朝走过了最后一程。
